湘潭市畜牧獸醫水產局為正處級行政管理類事業局，是《中華人民共和國畜牧法》、《中華人民共和國漁業法》、《中華人民共和國動物防疫法》等七法十三條例的執法主體。
局設辦公室、醫政藥政科、法規質量安全科、飼料科（市飼料管理辦公室）、防疫管理科、畜牧科、水產科、屠宰管理科、人事科9個職能科（室），紀檢（監察）機構、機關黨委、工會按有關規定設定。
局下轄湘潭市動物衛生監督所、湘潭市動物疫病預防控制中心（湘潭市畜產品安全檢測中心）、湘潭市漁政管理站（湘潭市漁業船舶檢驗站、湘潭市漁船漁港安全監督管理站）、湘潭市水生動物防疫檢疫監督站、湘潭市家畜育種站（湘潭市飼料監測站、湘潭市沙子嶺豬原種場）、湘潭市水產科學研究所（湘潭市漁業生態環境監測站）、湘潭市畜牧獸醫技術服務中心七個二級單位。
