港口輔助營運費用是指科目核算運輸、港口企業發生的輔助船舶費用（包括由輪駁公司等部門集中管理的拖輪、駁船、浮吊、燃物料、供應船、交通船等所發生的輔助船舶費用）和企業輔助生產部門生產產品和供應勞務（如製造工具、備件，修理車、船、裝卸機械，供應水、電、汽等）所發生的輔助生產費用。
發生的輔助營運費用，借記本科目，貸記“應付工資”、“應付福利費”、“燃料”、“材料”、“銀行存款”、“營運間接費閈”等科目；月終，按照規定的分配標準，由各項業務負擔時，借記“運輸支出”、“裝卸支出”“堆存支出”、“代理業務支出”、“其他業務支出”、“在建工程”等科目，貸記本科目。本科目月末餘額反映尚未完工的輔助營運費用。
