清華大學東莞校友會成立於1993年，在張彰等老學長的熱心推動下成立，多年來以各種形式開展校友聯誼活動。
2012年年底，由魏剛學長等8位校友作為發起人，啟動籌備成立東莞校友會的工作。2013年1月12日，東莞市校友會籌備大會召開，經東莞市社會組織管理局批准，2013年2月25日正式登記成立，第一屆理事會由包括會長魏剛、副會長，理事在內的33名校友組成。
2015年初，魏剛會長工作變動，2015年第一屆理事會會議選舉決定，由深圳清華大學研究院副院長、清華東莞創新中心主任嚴叔剛擔任新一任會長，校友人數160多人。
2018年2月，東莞校友會完成換屆選舉工作，選舉莫沛全學長為會長。第二屆理事會由會長，副會長，理事45人組成，註冊備案校友近300人。
2019年5月，部分理事會成員因個人事務繁忙，無法參與理事會活動及履行理事的義務而離任。第二屆理事會由會長、副會長、理事42人組成，註冊備案校友超過300人。
校友會正式成立以來，在校友總會的支持和指導下，以遵紀守法、服務校友、弘揚校訓、奉獻東莞為宗旨。每年組織多場校友聯誼會，包括校慶東莞慶祝活動、莞邑清華校友中秋聯誼會等。敬愛老校友，每年不定期組織多次老校友茶話會、徒步交流會等；助力在莞校友，搭建溝通合作和學習交流平台，組織校友企業訪問交流，對接校友在莞工作創業；愛校助學，每年組織一場莞邑清華新生交流會，分享新生學習經驗，協助母校招生推廣；組織校友捐贈勵學金等活動，歷年累計捐贈180多萬元，幫助一批清華貧困學子順利完成學業，2018年參與校友教室捐贈活動，為母校老舊教室修繕改造捐款15萬元。
