深層皮質單位是位於皮質的深層,為較大片的彌散淋巴組織,主要由T細胞聚集而成。每個單位與一條輸入淋巴管相對應,位於約10數個淋巴小結的深部。整個單位呈半球形,其球面朝向髓質,較平的一面朝向多個淋巴小結。深層皮質單位可分為中央區和周圍區。中央區含大量T細胞和一些交錯突細胞等,細胞較密集,為胸腺信賴區,新生動物切除胸腺後,此區即呈空竭狀。
細胞免疫應答時,此區細胞的分裂相增多,並迅速擴大。周圍區為包圍中央區的一層較稀疏的彌散淋巴組織,含T細胞及B細胞,還有許多高內皮的毛細血管後微靜脈,血液內淋巴細胞進入淋巴組織。血液流經此段時,約有10%的淋巴細胞穿越內皮細胞進入深層皮質單位周圍區,再遷移到其它部位。在周圍區與髓質鄰接處,含有一些小盲淋巴竇,它們是髓竇的起始部,也是副皮質區淋巴竇的重要通道。