深圳市港航和貨運交通管理局是深圳市交通運輸委員會直屬單位，負責全市港口、航運、貨運、貨運站（場）、駕培行業管理工作等。
1.貫徹執行國家、省、市有關港口、航運、貨運、貨運站（場）、機動車維修、駕培行業的法律、法規、規章和政策，負責編制港口、航運、貨運、機動車維修、駕培等相關產業的發展戰略、規劃、政策；參與擬訂和修編港口總體規劃和分港區規劃；負責編制港口專項規劃。
2.負責全市港口、航運、貨運、貨運站（場）、駕培行業管理工作；負責統籌機動車維修行業管理工作；依據許可權，組織開展行政審批事項辦理工作；負責所轄行業營運車輛技術、從業資格管理和信用平台建設。
3.負責全市港口岸線使用審查；負責港口岸線、航道、錨地和港口陸域的監督管理；指導深圳港引航工作；負責組織協調港口相關多式聯運工作；負責組織開展港口設施保全工作；負責協調處理與香港及周邊港口在港航方面的問題；負責深圳港口與國內外港口間的協作與交流。
4.負責維護全市港口、航運、貨運、貨運站（場）、駕培行業的經營秩序，承擔服務質量、經營行為的投訴處理工作；負責全市道路運輸車輛綜合性能檢測站和貨運車輛技術規範管理工作。
5.負責道路危險貨物運輸、港口內危險貨物作業的安全生產監管；負責港區內危險化學品庫場和存儲設施的安全監管；負責對海上休閒旅遊船舶所有人、經營人以及漁港水域外海上休閒旅遊船舶停靠的碼頭或者浮動設施所有人、經營人的安全生產實施監督管理。
6.負責統籌、協調、指導、監督各交通運輸局的機動車維修管理工作，組織開展檢查和考核。
7.參與擬訂現代物流業發展專項資金管理辦法及配套細則；負責組織港口、航運業、道路貨運業財政資助的審查；指導港口和航運有關規費徵收的工作。
8.負責推動行業的智慧型化發展，組織行業有關的科技推廣套用；負責收集、整理國內外和本市有關行業的經濟信息、資料並分析上報。
9.負責組織、協調全市重點物資和重點站（場）集散物資的運輸；參與組織救災、應急搶險、國防戰備、指令性運輸等物資的運輸工作。
10.承擔職責範圍內的環境保護、節能減排、新能源車輛推廣、安全生產監管、應急維穩等工作。
11.負責牽頭制定本板塊業務規範、業務標準、工作分工和工作規則。
12.完成上級交辦的其他工作。
