《海洋寡毛類纖毛蟲常見類群分子多樣性及分子探針設計》是依託華南師範大學，由龔駿擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：海洋寡毛類纖毛蟲常見類群分子多樣性及分子探針設計
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：龔駿
- 依託單位：華南師範大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
寡毛類纖毛蟲具有高度的物種多樣性，在海洋微型生物群落結構中占有重要的地位，因而是微食物網的一個樞紐組分。當前突出的問題是：大量種類形態相似，故單純的細胞學方法進行鑑定困難極大，而形態界定明確的種則普遍缺乏對應的分子信息。多樣性研究在物種、基因這兩個層面上的脫節極大地阻礙了以分子探針為基礎的技術（如螢光原位雜交即FISH）在該類群相關研究中的套用。本課題擬從我國沿海的4個海區採集常見及有代表性的類群（種及種群），在細胞學研究與標記性基因（18S RNA基因、ITS等）序列測定基礎上，分析種、種群變異度，種間形態差異與基因差異的對應關係，並設計具種的特異性的分子探針。本研究旨在為形態與分子多樣性研究搭橋，完善相關類群分類學信息的序列資料，並在此基礎上建立起常見海洋寡毛類簡便、準確的分子鑑定方法（FISH），為該類群的生態學定性與定量研究開闢一新的途徑，填補國際間該類群的研究空白。
結題摘要
浮游寡毛類纖毛蟲是海洋微型生物碳循環中非常重要的一個生態類群。由於缺乏對該類群形態與分子多樣性的整合研究，使常用的大通量分子生態方法（如454高通量測序、qPCR、FISH）難以在該類群的分子生態學研究中套用。本項目2010.1-2012.12主要從我國渤海、黃海、東海及南海近岸採集樣品，50個站點採取了水樣、沉積物樣品約100份。分離獲得了常見的92個形態種，通過形態鑑定與單細胞DNA提取的方法，克隆並測序了這些形態種所對應的18S、ITS1-5.8S-ITS2、28S rDNA序列約200條。在已獲數據的基礎上，已發表的成果概述如下：1、發現Favella ehrenbergi不同種群的外殼形狀、大小等特徵變異性極大，證實在以往的文獻中的幾個種實則為該種的同物異名；Novistrombidium屬下各種類在系統進化樹上並不聚在一起；Strombidium可能是個並系；2、對8種罕見的纖毛蟲的形態特徵與系統分類地位進行了有益的探討；3、揭示了多聚泛素基因在Strombidium等纖毛蟲中的變異及進化模式；4、設計了特異性引物（探針），建立並最佳化了基於18S rDNA定量檢測海水與沉積物環境中寡毛類與緣毛類rDNA拷貝數的特異性定量PCR實驗流程。5、以寡毛類與緣毛類纖毛蟲為模型，首次探討了真核生物細胞中rDNA拷貝數與序列變異率的關係，提出並例證了“高拷貝數導致高序列變異率”的假說，指出基因組rDNA高拷貝數類群（例如：纖毛蟲、甲藻、硅藻等）所具有的高變異性序列可能導致對它們多樣性的高估，增加系統演化關係推斷的不確定性。本項目為刻畫我國近海常見寡毛類纖毛蟲的分子多樣性提供了大量數據，建立了有效的分析方法，提出了原生生物分子生態分析過程中應該注意的問題，為深入開展海洋真核微生物、原生生物的分子生態研究奠定了良好的工作基礎。
