根據《中共海南省委辦公廳、海南省人民政府辦公廳關於印發〈海口市人民政府機構改革方案〉的通知》（瓊辦發[2009]39號），設定海口市海洋和漁業局，為主管全市?>海洋經濟、海洋事務和漁業行政工作的市政府工作部門。
職責調整,主要職責,內設機構,人員編制和領導職數,其他事項,
職責調整
（一）取消的職責
根據《海口市人民政府關於取消保留下放行政許可項目和取消調整保留行政許可實施主體的通告》（海府[2004]48號）取消“捕撈收購專項資源品種許可”等6項管理權項。
（二）下放的職責
根據2007年12月13日《海口市人民政府關於下放第一批行政權項的決定》（海口市人民政府令第65號），將“轄區淡水養殖許可”和“在全市規劃指導下，轄區30公頃以下（不含30公頃）的漁業養殖項目用海的審批”等2項行政管理權項下放給各區政府。
（三）增加的職責
1. 根據2008年7月16日《海南省人民政府關於下放行政管理事項的決定》（海南省人民政府令第216號）規定，增加“圍、填海27公頃以下的項目用海審核”等8項行政審批權項。
2. 無居民海島管理。
（四）加強的職責
加強海洋經濟的管理。
主要職責
（一）貫徹執行黨和國家及省有關海洋和漁業工作的方針政策、法律、法規和規章；依法擬定本市海洋和漁業工作的政策、法規、規章以及中長期發展規劃、年度計畫並組織實施。
（二）負責全市海洋經濟運行監測、評估及信息發布；實施海洋綜合管理，協調各涉海部門、行業的海洋開發活動；會同有關部門提出最佳化海洋經濟結構、調整產業布局的建議。
（三）參與本市海域勘界工作；監督管理全市海域（包括海岸帶、無居民海島）使用，按規定頒發海域使用許可證、實施海域有償使用制度；監督管理市轄海域海洋調查與涉外海洋科學調查考察工作；監督管理海底電纜、管道的鋪設和人工構造物設定。
（四）負責全市漁業資源的管理。組織實施海洋捕撈強度控制方案、漁業許可制度、伏季休漁制度和指導漁業資源監測工作；負責本市水產養殖種苗的管理；負責水產養殖質量安全監督管理工作；管理內陸水域、淺海灘涂漁業開發利用工作。
（五）負責市轄海域海洋環境監督管理和漁業水域生態環境保護工作；組織、管理全市海洋環境的調查、監測、監視和評價；監督陸源污染物排海、海洋生物多樣性和海洋生態環境；負責防治海洋工程項目和海洋傾廢對海洋污染損害以及漁業水域生態的環境保護工作，核准新建、改建、擴建海洋工程環境影響報告書；參與選劃和調整海洋自然保護區和特別保護區。
（六）管理海洋觀測監測、災害預報警報、信息綜合等公益服務系統，負責發布海洋災害預報警報和海洋環境預報；配合有關部門做好漁業海上搜救工作。
（七）根據國家規定對本市行使海洋監察、漁業船舶檢驗和漁政、漁港監督管理職能，管理市海監和漁業執法隊伍。
（八）負責海洋和漁業基礎數據和信息管理工作。
（九）組織指導本系統工作人員的教育培訓、隊伍建設和有關海洋和漁業的科學研究、技術推廣。
（十）負責對所屬單位貫徹執行上級方針政策、法律、法規和規章的情況進行檢查監督，協同有關部門監管其非經營性國有資產。
（十一）指導各區海洋和漁業工作。
（十二）承辦市政府和上級部門交辦的其他工作。
內設機構
根據上述職責，市海洋和漁業局內設6個正科級職能機構。
（一）辦公室
負責起草和審核有關綜合性檔案和重要報告；負責會議組織、秘書事務、信息綜合、文電處理、文書檔案管理和機要保密工作；負責機關日常行政管理工作，制定機關內部規章制度；負責信訪、紀檢、計畫生育、安全保衛等工作;承辦人大建議、政協提案；財務管理職能按有關規定執行。
（二）組織人事和政策法規處（機關黨委辦公室、紀檢監察處）
負責局機關和所屬單位人事管理、機構編制、隊伍建設、老幹部服務和黨群、機關工會工作；負責紀檢監察工作。負責研究提出海洋和漁業發展戰略和政策措施；負責擬定本市有關海洋和漁業的地方性法規規章草案；承擔本局機關有關規範性檔案的合法性審核工作；承擔本系統普法教育工作；負責行政複議、行政訴訟和重大處罰案件的聽證等工作。
（三）發展和質量監管處
負責組織擬定全市海洋與漁業經濟綜合發展規劃；承擔全市海洋經濟運行監測、統計、核算、評估及信息發布的工作；組織編制、審查、申報各類海洋工程建設項目，組織對在建項目分類實施監督管理和竣工驗收；組織編制漁港建設規劃，監督漁港工程建設；負責全市漁業統計工作；組織海洋和漁業重大科技開發，推動行業技術進步；指導海洋和漁業產品加工、流通以及市場體系建設；指導水產品進出口貿易，組織企業開發國內外水產品市場；負責水產養殖質量安全監督管理工作；負責養殖水產品藥物殘留的監控工作；配合有關部門開展水產品無公害產地認定和產品認證以及名牌產品申報工作；預測並發布漁產品市場信息；指導水產品質量安全檢測機構和水產運銷加工協會工作。
（四）海洋管理處（環境保護處）
負責全市海域使用和海島管理工作；組織擬定並實施本市海洋功能區劃、海域使用規劃、海島保護與利用規劃、海洋環境保護與整治規劃；承擔市政府審批的海域使用項目的審核、海域使用權登記和海域使用權證書發放工作；負責組織海域使用、海島使用的論證評估工作；承擔無居民海島的開發、建設、保護與管理工作；組織實施海域勘界工作；負責海岸帶、海島資源登記和界定工作；負責海底電纜管道鋪設管理；負責市轄海域海洋環境監督管理和漁業水域生態環境保護和修復工作；參與選劃和調整海洋自然保護區和特別保護區；組織海洋和漁業水域環境的調查、監測、監視、評價和科學研究；負責全市防治海洋工程建設項目和海洋傾倒對海洋污染損害的環境保護工作；負責發布海洋環境及海洋災害公報、通報，指導海洋和漁業監測體系建設；組織編制並實施海洋災害應急預案。
（五）漁業生產處
組織編制並實施本市水產養殖發展規劃；指導水產養殖業產業發展；推進水產健康養殖；負責內陸水域和淺海灘涂水生經濟動植物資源開發利用的指導和管理；負責水產養殖病害防治和水產養殖用藥安全使用的宣傳、培訓和技術指導工作；指導養殖新技術、新品種的試驗示範及推廣；負責水產苗種的管理，核發水產苗種許可證。指導全市捕撈生產和產業結構調整，組織實施捕撈船網工具控制制度；組織資源調查和漁場預報及新漁場的開發；指導漁具漁法改革並組織實施先進捕撈技術與生產結合的示範點項目；初審深海和遠洋漁業項目，指導捕撈與養殖專業合作社及協會的工作。
（六）漁政漁監處
依法行使漁業船舶和漁政、漁港監督管理職能；負責全市漁業行政執法隊伍的建設管理；組織實施漁業保護區、禁漁區、禁漁期、休漁期的監督管理；開展漁業資源管理和珍稀水生野生動植物保護工作；組織和協調重大漁政執法行動，協調重大漁業糾紛，查處嚴重漁業違規事件；參與漁業涉外事件的調查處理；參與監督漁港重大工程項目建設；指導漁業船舶檢驗工作；監督漁業船舶水上生產安全；負責組織漁船防颱風搶險救災工作；組織編制並實施漁業防風防汛應急預案；負責調查和處理漁港水域及沿海水域重大的漁業船舶海損事故；指導漁業互保工作。
人員編制和領導職數
（一）人員編制
核定市海洋和漁業局行政編制23名，機關工勤人員財政全額預算管理事業編制4名。其中：部門領導3名，辦公室6名（含工勤人員4名），組織人事和政策法規處、發展和質量監管處各3名，海洋管理處、漁業生產處、漁政漁監處各4名。
（二）領導職數
部門領導3名，其中：局長1名，副局長2名；內設機構科級領導職數11名，其中：辦公室、組織人事和政策法規處各2名，發展和質量監管處1名，海洋管理處、漁業生產處、漁政漁監處各2名。
非領導職數按《公務員法》有關規定核定。
其他事項
（一）海洋環境保護職責分工。
市海洋和漁業局負責所轄海域海洋環境監督管理，組織海洋環境的調查、監測、監視、評價和科學研究，負責發布海洋環境及海洋災害公報、通報，負責全市防治海洋工程建設項目和海洋傾倒廢棄物以及其他海洋開發利用活動對海洋污染損害的環境保護工作，組織海洋生態保護和修復，加強對沿岸入海的排污口附近海域的監測和監視，發現入海排污口附近海域水質有異常變化時，及時向市環境保護局通報；市環境保護局負責對全市海洋環境保護工作實施指導、協調和監督，負責全市陸源污染物和海岸工程建設項目的海洋污染防治工作，核定轄區內重點排污企業向海域排放污染物的控制指標，加強對沿岸直接入海的排污口和入海河口規定範圍內排污口以及入海河口斷面水質的監測、監視、調查核評價，對重點排污單位設定的水質自動監測裝置實施全天候監控。
