海南省瓜菜育種工程技術研究中心依託海南省農業科學院瓜菜研究，三年來，培植、選育出了“耐貯運黃皮尖椒”、“觀賞保健型小南瓜”、“出口型棱絲瓜”、“小果型冬瓜”等四個新品種，並進行了優良密瓜新品種引進試驗，承擔了01至02年農業部基本建設項目“海南省瓜菜種子基地建設”。
海南省瓜菜育種工程技術研究中心以研究開發海南主栽品種併兼顧名、特、優瓜菜種子（苗）及其配套技術為方向，目標是成為海南這一全國最大的南菜北運基地所需的良種良苗之主要供給單位及技術依託，並逐步輻射到島外尤其是兩廣的南菜北運基地。據此，本中心的主要任務是引進、鑑定並利用國內外優良瓜菜種質資源，選育推廣優良瓜菜新品種及瓜菜栽培技術的研究與套用。
海南省瓜菜育種工程技術研究中心目前有固定科技人員10人，其中高級職稱4人，中級職稱4人，初級職稱2人，客座教授2人。
海南省瓜菜育種工程技術研究中心在海南省農科院瓜菜研究所原有的工作基礎上，通過近幾年的努力取得了以下成果：“瓊1號苦瓜新品種選育及推廣”獲2002年海南省科技進步三等獎、“泡椒新組合海椒3號選育及推廣”獲2003年海南省科技進步三等獎、“櫻桃番茄品種引進試驗及示範推廣”獲2003年海南省科技成果轉化三等獎”、“津春4號黃瓜引進與推廣”獲2003年海南省科技進步四等獎。此外，還獲得了一批穩定的育種材料如98-1苦瓜雌性系及若干具有自主智慧財產權的新品種如碧綠絲瓜、四季粉皮冬瓜及黃冠黃皮尖椒等。
