浙江省微生物製藥技術工程實驗室依託浙江大學藥物生物技術研究所（承擔單位）杭州華東醫藥集團有限公司（聯建單位），於2013年11月浙江省發改委批准設立，主要從事微生物製藥的技術創新和產品開發。現有14位教授研究員和一批副教授，其中浙大求是特聘教授2人、光彪講座教授1人、國家傑出青年基金獲得者1人、國家青年千人3人等，中國科學學院院士鄧子新教授兼任學術委員會主任。
浙江省微生物製藥技術工程實驗室建有對外開放共享的藥物生物技術實驗平台，由發酵技術中試放大工作站、基因突變高通量篩選工作站和生物信息計算分析工作站等三部分組成，有關微生物分子生物學、微生物基因工程、蛋白質互動作用、微生物發酵、分離純化的設備比較齊全。近年承擔了國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金傑出青年項目、863計畫項目、國家新藥創製重大專項、973計畫子課題、科技支撐計畫子課題、國家自然科學基金面上項目、浙江省自然科學基金（重點、傑青、面上）及重大橫向合作項目70餘項，發表SCI論文300多篇，授權和申請發明專利50餘項，獲省部級級科技獎一等獎2項、二等獎5項。
浙江省微生物製藥技術工程實驗室注重基礎與技術連結、技術與產業互動，與國內多家著名上市微生物製藥企業建立了密切的產學研合作關係，完成了他克莫司、納他黴素、達托黴素、L-酒石酸、SOD、溶菌酶、鹽黴素等藥物的研製或高產改造，支撐合作企業獲多項新藥證書和國家級重點新產品，產生了很好的社會經濟效益。
浙江省微生物製藥技術工程實驗室將以微生物合成生物學為主要研究方向，開展微生物生產菌基因組重塑、藥物生物合成體系網路重構和系統最佳化、生產菌自身耐藥機制研究，為微生物製藥產業轉型升級提供理論依據和技術支持，並探索化學藥和植物源藥物的微生物製造；同時，以大品種微生物藥物創製和高產改造為主要核心研發內容，培育省部和國家級重大科技成果，為浙江大學微生物學一流學科建設作出貢獻。
