據2018年12月《浙江海洋大學學報(自然科學版)》官網顯示,《浙江海洋大學學報(自然科學版)》是中國科技論文統計源期刊(中國科技核心期刊),被中國科學引文資料庫(CSOD)、中國學術期刊綜合評價資料庫、中國期刊網、中國學術期刊(光碟版)、萬方數據-數位化期刊群、美國化學文摘(CA)、聯合國《水科學和漁業文摘》(Aquatic Science and Fisheries Abstracts,ASFA)資料庫、中國海洋文獻資料庫、《中國生物學文摘》、中國生物學文獻資料庫、美國《劍橋科學文摘(自然科學)》、《環境科學與污染管理》(Environmental Science and Pollution Management)、《生物科學》(Biological Sciences)、《海洋技術、政策與非生活資源》(Ocean Technology Policy and Non-Living Resources)、《生物科學與生活資源》(Biological Sciences and Living Resources)、《水污染與環境質量》(Aquatic Pollution and Environmental Quality)收錄。