浙江工商大學東亞研究院坐落在浙江工商大學下沙校區內的日本文化研究樓內。其前身為浙江工商大學日本文化研究所，研究所的母體為創建於1989年8月的“杭州大學日本文化研究中心”，後更名為“杭州大學日本文化研究所”。1998年9月杭州大學併入浙江大學，研究所隨之更名為“浙江大學日本文化研究所”。2004年8月，團隊主要成員調入浙江工商大學，研究所重組後稱“浙江工商大學日本文化研究所”。2011年2月，因研究時運所趨，研究所擴名為“浙江工商大學東亞文化研究院”，2013年12月，經學校批准更為現名。
本院現有專業研究平台4個，分別為學校評定的“校級重點人文研究基地”（2010年10月）、日本國際交流基金認定的“海外日本研究重點支援機構”（2006年4月）、浙江省哲學社會科學發展規劃領導小組審定的“浙江省哲學社會科學重點研究基地”（2014年4月）、“東亞研究與周邊外交”校級協同創新中心（2015年7月）。專業研究所3個，分別為“日本文化研究所”、“韓國學研究所”、“書籍之路研究所”。
此外，研究院下設院辦、浙江省中日關係史學會會長單位兼秘書處、中華日本學研究協會秘書處、浙江省中韓經濟文化交流研究會會長單位兼秘書處、“心連心”杭州中日交流之窗、梅田善美日本文化研究基金等機構。建有“東亞文物博物館”、專業資料室等教學研究輔助設施。
“浙江省哲學社會科學重點研究基地”在基地負責人、學術委員會的領導下開展工作，下設“東亞歷史文化研究中心”、“東亞國際關係研究中心”、“東亞經濟貿易研究中心”。每年定期出版《東亞經緯》（季刊）等內部刊物，及時報導和研究東亞地區發生的政情、輿情。每年組織評審浙江省哲學社會科學規劃項目5項左右，基地自設項目10項以及研究生項目10項。
“海外日本研究重點支援機構”在日本國際交流基金會的資助下，每年開展“一個研究項目”、“一次學術會議”、“一次中國高校日本歷史文化高級講習班”、“一項成果出版”的活動，至今已連續得到資助11年，積累了豐富的學術資源。
2014年開始，日本國際交流基金在我院增設“心連心”杭州中日交流之窗項目，旨在豐富和及時提供日本文化的第一手學習、研究資料，並通過舉辦各種交流活動，讓市民進一步了解日本文化，從而增進中日互信、友誼。
“梅田善美日本文化研究基金”是日本友好人士梅田善美、梅田節子夫婦於2014年在我院設立的民間基金，首期5年，以資助攻讀日本歷史文化的研究生邁出國門，實地體驗日本文化的魅力所在為目的。
本院現有專職研究人員7名，行政人員2名，海外專家2名。專職研究人員中教授2名、副教授3名、講師2名，均具博士學位。兼職研究人員16名，其中日本前駐華大使安南惟茂為本院日本文化研究所名譽教授，韓國延世大學國學研究院院長白永瑞為韓國學研究所名譽所長，著名學者湯重南、劉江永、楊棟樑等5人為本院客座教授，另聘有客座研究員10多名。
2016年7月04日，美國哈佛大學費正清東亞研究中心原主任、“世界中國學貢獻獎”獲得者傅高義先生訪問東亞研究院並在現場受聘擔任浙江工商大學東亞研究院名譽院長。
本院自創辦以來一直致力於東亞研究，取得了豐碩成果，在國內同類機構中名列前茅。到2016年為止，專職研究人員已出版大型叢書10多種，專著100部以上，論文600多篇。以上論著近半在國外期刊雜誌以外語發表。其中王勇教授編著的《中日漢籍交流史論》獲國家教委首屆人文社科優秀成果二等獎，王勇教授與周一良教授、嚴紹璗教授合編的10卷本《中日文化交流史大系》獲亞太出版協會（APPA）學術類金獎，陳小法、江靜兩教授合著的《徑山文化與中日交流》獲第6屆“孫平化日本學學術獎勵基金”專著類三等獎，張新朋副教授的《敦煌寫本<開蒙要訓>研究》獲得浙江省社科聯第八屆青年社科優秀成果獎三等獎。王勇教授總主編的《歷代正史日本傳考注》（5卷）獲批為2015年度國家古籍整理出版項目，王勇教授總主編的《中日文化交流文庫》40卷（2017年出版）被列入國務院新聞辦公室與新聞出版總署聯合啟動的“中國文化著作翻譯出版工程”、將作為2017年9月東京國際書展主賓國主展出版物。同時，為了紀念中日恢復邦交45周年，由王勇教授、陳小法教授任總策劃的“中日文化交流圖片展”經國家出版總署批准，擬在明年的東京國際書展作為主賓國重點文化交流活動而展出。
本院成員（不含兼職）自2006年以來主持各類研究課題共60多項，其中國家級課題8項，省部級課題10多項，大型課題“域外漢典研究”得到浙江省財政的重點支持，同時還獲得了2011年度日本國際交流基金會的立項和資助。王勇教授領銜投標的“東亞筆談文獻的整理與研究”被立為2014年度國家社科基金重大招標項目，填補了學校該層次項目的空白。
本院目前有碩士研究生導師四名，主攻專業和招生方向如下：
王勇（教授、主攻“隋唐東亞關係”）：招收“日語語言文學”“日語筆譯”“亞非語言文學”三個專業的研究生；
陳小法（教授、主攻“明代東亞關係”）：招收“日語筆譯”“亞非語言文學”兩個專業的研究生；
金俊（副教授、主攻“東亞思想史”）：招收“日語筆譯”“亞非語言文學”兩個專業的研究生；
張新朋（副教授、主攻“東亞傳統文化”）：招收“亞非語言文學”專業的研究生。
由本院負責的“亞非語言文學”專業碩士點分“日本學”、“韓國學”、“中國學”三個方向面向全世界招生。根據邱均平《2013-2014中國研究生教育及學科專業評價報告》，該碩士點的專業辦學水準在全國28所開設此專業的院校中獲得四星評價，在浙江工商大學所有研究生專業中獨占鰲頭。我院所有研究生在校期間，都有機會赴日、韓遊學或留學。
本院一直積極開展國際學術交流活動。目前已與日本的早稻田大學、關西大學、神奈川大學、韓國的首爾市立大學、仁荷大學、檀國大學、江原大學等12所海外大學簽訂了院（所）級學術交流協定，與日本的東京大學、京都大學、日本大學、法政大學、國際日本文化研究中心、文部科學省國文學研究資料館、韓國的延世大學、高麗大學、韓國學中央研究院、韓國國史編撰委員會、江原韓國學研究院、美國的哥倫比亞大學等大學或研究機構有著密切的學術交流。除了不定期派遣本院專職研究人員出國講學、考察、開會、進修，還定期派遣研究生赴日本、韓國留學，每年還推薦優秀碩士畢業生赴日本免試攻讀博士學位。
本院建有專屬的圖書資料室，藏有中外文圖書3萬餘冊。中日文化交流史圖書是本院的最大藏書特色，《日本神道大系》等叢書為國內獨家收藏。
