水運企業運輸收入審計是對水運企業經營中的客運收入、貨運收入及其它運輸收入的審計。其主要內容：(1)票據的印刷、登記、領發、交接、核銷等手續是否健全，責任是否明確，帳實是否相符；(2)各種票據的使用是否符合有關規定，各輪票據管理責任是否明確，是否妥善整理歸檔，收入現場檢查制度是否嚴密，並認真執行，銷毀時手續是否齊全。
(3)各收款部門是否及時正確地進行各種收入進款，並按期報送收入憑證和收入報表，貨物種類、費率、計量有無錯誤，收入內容是否合規、合法，有無錯收、漏收、虛增虛減等錯弊現象；(4)審查各種營運業務原始資料與營運票據、計費票據以及報表之間是否相符，各種運輸收入是否及時清理和解繳，有無長期拖欠等現象。
