1992年段宜康前往
台南市,擔任“立法委員”洪奇昌台南市服務處主任;1993年,高植澎代表民進黨參選
澎湖縣長補選,段宜康又前往輔選,在高植澎當選後,段宜康出任其特別助理。
1994年,段宜康代表民進黨參選台北市“議員”,並且於1998年高票連任。段宜康在擔任台北市“議員”期間,與同黨“議員”江蓋世、
李建昌合組“蓋健康質詢小組”,被認為是問政最為犀利的質詢小組之一。2001年段宜康當選第五屆“立法委員”,但2004年因民進黨配票操作失誤,以1400票之差敗選。2006年,段宜康辭去
新潮流系“總召”一職。
段宜康曾經參與“
外省人台灣獨立促進會”的發起,並且於1997年“認識台灣教科書”辯論時擔任辯論代表。1996年,段宜康直言民進黨有“福佬
沙文主義”的傾向,被視為民進党進行後續修正的推動者。
2012年1月14日台灣地區重大選舉中,段宜康位列民進黨不分區”立委“提名第10位,成功當選第8屆”立委“。