植物檢疫方法是由國家頒布法令，制定檢疫條例，設立專門機構，對應受檢疫的植物及植物產品，實行嚴格的檢疫檢驗，嚴禁區域性危險性病、蟲和雜草隨著植物及其產品調運交流，而輸入、輸出和傳播的行政法治方法。又稱法規防治法。植物檢疫分對外檢疫和對內檢疫兩種。對外檢疫是國家在必要的地點、口岸設立植物檢疫檢查站，或派駐檢疫人員，根據植物檢疫法和檢疫條例規定，履行對外貿易契約義務，執行檢疫檢驗任務，對進出港的輪船、出入境的飛機、火車所運載貨物、包裝器材、工具，以及旅客行李、攜帶果品、蔬菜和食物等，進行嚴格檢疫檢驗手續，發現附有違禁危險性病、蟲和雜草種子，應予以沒收，焚燒，或進行熏蒸、消毒處理，並由檢疫員簽發檢疫證書，保護國家信譽。
對內檢疫是根據植物檢疫法和檢疫條例，對國內各省(市)、自治區和地區之間調運植物和植物產品，如種子、苗木及應受檢疫的植物及其產品進行檢疫檢驗，防止局部疫區的危險性病、蟲和雜草傳播擴大為害。對已經發現的要劃定疫區和保護區，採取封鎖和防治措施。隨著我國改革開放政策的實施，國際交往和貿易活動日益增多，國內經濟活動頻繁，植物檢疫倍受重視。目前，正在積極開發新技術在植物檢疫檢驗中的套用，如血清診斷、螢光電鏡診斷，以及噬菌體鑑定，X光檢驗等，以適應日益發展的國際貿易和國民經濟建設的需要。
