1910年12月—1911年12月任京師大學堂總監督
中華民國成立以後,感念前朝恩澤,以遜清遺老自居。他曾嘗獨力撰著《
新元史》,學術界對《新元史》評價頗高,認為此書乃集五百多年各家研究之大成,補充了許多新內容,糾正了不少錯誤。日本
東京帝國大學贈
文學博士學位。民國八年(1919)十二月,
徐世昌總統明令《新元史》列入正史,是為第二十五史。
民國三年(1914年)夏天,
袁世凱成立清史館,以
趙爾巽為館長,劭忞又參與《
清史稿》之編撰工作,整理《儒林傳》、《文苑傳》、《疇人傳》,並獨撰《天文志》;全館參與者有一百餘人,1920年完成初稿,共五百二十九卷,1926年又進行修訂工作,1928年刊印,共印一千一百部,成為第二十六史(或二十五史,《新元史》不列入正史)。