染色體突變區間的識別算法研究

染色體突變區間的識別算法研究

《染色體突變區間的識別算法研究》是依託香港城市大學深圳研究院,由王魯生擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

  • 中文名:染色體突變區間的識別算法研究
  • 項目類別:面上項目
  • 項目負責人:王魯生
  • 依託單位:香港城市大學深圳研究院
項目摘要,結題摘要,

項目摘要

在遺傳學上,染色體突變區間的確定通常是通過連鎖分析(linkage analysis)進行的。這一方法的套用,已經獲知了幾百種由自身的基因變異引起的顯性疾病。連鎖分析的方法是根據一組個體的基因型遺傳標記(genotype data)來推斷致病基因在染色體中所在的區間。若數量足夠多的一組個體是在一個近三代家譜中,已經有有效的實用程式可以解決。在某些情況下,一個近三代的家譜中只能找到少數幾個人的基因型標記數據。因此,現有方法無法解決此問題。解決的方法之一是利用更多個體的基因型標記。因此,我們要考慮具有六代或以上的共同祖先的一組個體。然而,在此情況下,問題就變得複雜。在這樣大的家譜中,很多先人的基因型標記數據已無法獲得,而個體之間的血緣關係變得疏遠。目前,尚無任何算法可解決此問題。在此項目中,我們將根據國際人類基因組單體型圖計畫所得到的數據提出新的數學模型解決此問題。

結題摘要

我們按照項目計畫書對染色體區間識別的算法進行了研究。作為該課題的擴展延伸,我們進行了關於單倍型組裝問題的研究。另外,我們也對其他相關研究方向,例如,泛基因組比較的研究,蛋白質結構位點預測,阻塞模式匹配問題的研究及譜系比較的研究。, 共在國際學術期刊發表論文11篇。 有幾個算法已轉換成計算機軟體。 我們還成功舉辦了COCOA2016 及APBC 2017兩個國際會議。 此外,我們正在籌劃Cocoon2018及CPM2018國際會議。將於2018年7月2日至7月4日於青島同時舉行。 我們參加了幾個國際會議並發表了論文。 我們與日本東京電器大學(ZHENZHi-Zhong 教授),加拿大阿爾伯特大學計算機系(LIN Guohui教授), 澳大利亞悉尼科技大(LI Jinyan教授),山東大學(朱大銘教授),天津大學(郭菲副教授),中南大學(王建新教授,李敏教授)合作並聯合發表了論文。

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