染色體排列的主體是染色體，對於染色體組的表示，現已提出幾種方法。
對於染色體組的表示，現已提出幾種方法。例如，染色體的數目是以n、2n分別表示配子和合子的染色體數目，以x表示基數，以b表示原始基數，以2x、3x、4x、……表示多倍性，以2x+1、2x-1、……等等表示非整惰性，以1、2、3、……等編號表示各個染色體。另外，為了表示各個染色體的形態特徵，還可採用“V”形、“J”形等名稱，或者採用由A．Levan等（1964）所提出的根據著絲粒的位置進行分類的方法等。關於人類的染色體組型的表示法，在國際上是統一的（在丹佛1960、倫敦1963、芝加哥1966、巴黎1971等地召開的人類染色體會議上所制訂的），已規定了為了表示染色體形態特徵的染色體臂比、著絲點指數等指標。
染色體在製作微陣列等各種陣列時，將從任意生物中得到的多種類生物物質、或與生物物質相互作用的合成物質在載體上按照，與各生物物質相對應的各個鹼基序列塊在染色體上的排列順序可以確認的方式進行規則的排列、固定。上述生物物質可以是DNA等的核酸、蛋白質等的多肽；上述合成物質可以是與這些物質反應的化合物。這樣，通過規定在載體上被固定的生物物質、合成物質的排列順序，可用於例如生物的品種改良時的挑選等。
染色體排列