基本介紹
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角色形象
東雲諒子是未來人，來自已經毀滅的2064年。
自從2064年戰鬥市發生的事件以來，記憶便處於混亂狀態。如果不經常服藥，便會因為嚴重的頭痛失去意識。
對井田的強烈愛意化為了復仇心，驅使她執著地追查著犯人。
角色經歷
2188年
2188年的東雲諒子是方舟計畫的參與者之一，由於“2188年的關之原瑛”的破壞，她所在的太空站陷入混亂，在剩餘的人類自相殘殺的結局來臨時，“2188年的井田鐵也”留給了深愛著他，想要同他一起離開這個世界的東雲諒子一句及其惡毒的話語，拋棄了諒子，讓她在已經斷電的一片漆黑中獨自品嘗孤獨和絕望，又目睹了剩餘人類的自相殘殺，由此對人類感到絕望，於是決定修改開拓程式，讓重工機械壓制所有扇區，導致計畫每一次最終階段都會陷入重置，陷入無盡循環之中，永遠不能成功，以留下一個沒有人類的美好世界。
本周期
2064年，怪獸入侵了東雲諒子的家鄉。
為了尋找失散的朋友，諒子徘徊在因怪獸出現而一片驚慌的蒲染區商業大樓中，此時，怪獸出現，正當怪獸將要攻擊這棟大樓時，一個巨大的機器人——13號機兵出現，擊退了怪獸，救下了諒子。
隨後，諒子的眼前出現了一道光芒，在光芒之中，出現了一個男子的身影，他自稱和泉十郎，請求諒子加入他們，同他們駕駛那巨大的機器人，打敗怪獸，拯救世界。
在這怪獸的首次入侵中倖存的諒子，對新來的高中老師，同時也是那些機器人駕駛者的首腦——井田鐵也產生了奇妙的感情，她十分在意井田對自己的評價“特別的人”，並且想要訴說自己的感情，但井田似乎只想讓自己駕駛那個機器人作戰，還說如果不能抵禦他們，世界就將會毀滅。
但是這一幕被來到這裡的關之原瑛看在眼裡，他很氣憤地質問井田為何纏著諒子學姐，諒子連忙解釋是自己找上了老師，並且下定決心，駕駛機器人進行戰鬥。因為擔心諒子，瑛也提出了作戰請求，但他對諒子這樣魯莽的決定感到擔憂。
決戰前的某天，井田告訴諒子，拜託她把一種名叫“DD426”的代碼輸入到機兵中，這樣能夠提升機兵的性能，隨後便離開了。緊接而來的關之原瑛詢問井田對她說了什麼，卻只得到諒子“你管不著”的冷漠回應，瑛只好氣沖沖地離開了。為了向瑛證明井田是對的，她沒有將DD426輸入到自己的14號機兵上，而是將它輸入到瑛的15號機兵上實力坑弟
終於，怪獸大舉進攻之日到來，防衛作戰異常艱苦，陷入僵局。突然，系統遭到入侵，機兵開始接連失控，調查原因發現關之原瑛所操控的15號機兵是攻擊的發起者，他的機兵正在傳送信號。協助作戰的森村千尋當機立斷實施強制傳送，將諒子傳送到了別的時空。
諒子連同機兵被傳送到了1984年，在這裡他被警方發現，接受訊問時，東雲告訴他們關於怪獸入侵和機兵的事情，但警方並不相信她，還認為她患有妄想症。隨後，井田鐵也突然出現，自稱是特務機關的人員，使用許可權保護下了東雲諒子。
後來的某一天，諒子通過調查訪問記錄發現，當初在戰場上散播病毒代碼的正是15號機兵，同時這份代碼也是以“426”的ID生成的，於是他打探到了關之原瑛，也就是“426”的行蹤，在孝良高中理科教室的傳送門前進行埋伏，看準他操作傳送門的時機拔槍對其進行牽制，在二人爭鬥的過程中，傳送門被意外啟動。
二人被傳送至2025年，諒子拿著槍前往426的據點，試圖拘捕他，但他解釋說自己並非是426，還說了很多諒子小時候和瑛的記憶。此時諒子感到頭很痛，瑛見狀把自己的藥交給了諒子，拜託她把被捲入這件事的幾個無辜的人送回1985年，說完便離開了，諒子心中困惑不已，但她頭痛難忍，暈了過去。
再醒過來以後，他發現眼前是那幾個被捲入傳送門的人——如月兔美緒方稔二和澤渡美和子，他們三人正在照顧諒子，諒子一心想要弄清426的真實身份，便準備偷偷離開此地，據點中的傳送門被封鎖，於是她決定前往地下中樞的傳送門進行傳送。
在路上，她又遇到了因為地面傳送門被封鎖而滯留的關之原瑛，他的身邊還跟著那三個人，諒子的記憶出現混亂，瑛苦苦解釋不成，諒子指揮機器人攔住瑛等人，獨自前往地下。
在地下，關之原瑛等人趕到諒子面前，此時她的記憶恢復了一些，逐漸記起瑛的過去，正當眾人想辦法啟動傳送門時，如月兔美偶然碰到了一個神秘的光芒，這啟動了同之前失蹤的16號機兵的通訊，但還沒完全接通，通訊就斷開了。這時又出現了大批機器人襲擊眾人，諒子也慢慢失去對機器人的控制，千鈞一髮之際，瑛啟動了傳送門，傳送回了1985年。
後來的一天，再度回到特務機關的諒子，遇到了井田之前和她提到過的，孝良高中新的臥底——鷹宮由貴，但由貴似乎對諒子冷冰凍的態度感到不太高興。
諒子的記憶越來越混亂，她不記得之前埋伏關之原瑛的過程，於是她又追著瑛到了2025年，再一次重複了前往地下中樞的過程，無論瑛怎樣向她解釋，他都不聽，或者說很快忘記了。
某一天，諒子得知14號機兵被回收了，於是她前往機兵倉庫，從森村千尋那裡得知，他們只回收了3台機兵，而這一台14號機兵嚴重受損的同時也被426所控制，很難開動，同時，她有了一名替補駕駛員藥師寺惠。諒子感到非常生氣，她認為這是井田老師為她挑選的機兵，不能由別人駕駛，在一旁的藥師寺惠也感到氣憤，回應說那就讓諒子駕駛，代替十郎去戰鬥就好了。二人關係變得緊張起來。
在孝良高中的調查中，他偶然聽到了一個男生正在打聽監視對象南奈津乃的去向，得知她在常坂神社後，她立刻動身前往那裡。在常坂神社，她看到了南奈津乃和那個男生進行傳送的一幕，她因此得知井田老師要她找的“數據單元”就在南奈津乃手中。
後來的某日，諒子提前前往2025年，在那裡她在“426的據點”埋伏到了南奈津乃，誤認為奈津乃也是426的幫凶，那個數據單元告訴她她被利用了，但諒子不聽，擊倒了奈津乃，搶走了數據單元，留下奈津乃一個人在這個時空。
在聽到數據單元對她說它手裡有諒子同井田的記錄後，她帶著數據單元悄悄來到了舊校舍走廊，在這裡，她關掉了數據單元的AI系統，查看記錄播放了一段錄像，是未來的諒子，對錄像訴說井田對自己的無情的欺騙，和自己的絕望，以及最令人震驚的事實——對人類感到絕望的她親手設計了怪獸入侵的系統，招來了世界的毀滅。諒子感到十分震驚，她痛苦地捂著頭，不敢相信自己看到的一切。正巧鷹宮由貴經過此地，她前來詢問諒子的情況，對未來感到絕望的諒子一氣之下扔掉了藥，由貴幫她撿了起來交還給她。諒子沉默了一會，拜託由貴把數據單元藏到一個隱蔽的地方，但很快她昏了過去。
由貴將暈倒的諒子送到了醫務室，甦醒的諒子似乎又失憶了，她完全記不起自己拜託由貴的事情。
後來的一天，她在機兵倉庫撞上了潛入這裡的鷹宮由貴，在看到她的身上出現了機兵匹配者的標誌後，她明白鷹宮由貴也是匹配者之一，諒子向她解釋了機兵的作用，但由貴不願和這件事搭上關係，正欲離開，諒子和鄉登蓮也攔下了她，為了調查她身上被添加多次的代碼，諒子將其擊暈。
在由貴的調查下，眾人得知相葉繪理花就是和泉十郎，在堇橋上，眾人將和泉十郎逼入絕境，但他在千鈞一髮之際跳下橋，失蹤了。
在得知了426的真實身份以後，東雲開始著手調查2105年井田老師的相關記錄，但她發現最後一條記錄是三年前的記錄，之後的記錄被人為刪除了。
在諒子調查到井田為了如月兔美而準備重啟世界的計畫，回憶起那個井田利用自己，還要拋棄自己的影像，他找到了曾經啟動過20號機兵的網口愁，告知他鷹宮由貴正被井田劫持開啟地下計算機，同他一起前去尋找20號機兵，傳送到了扇區3以尋找在那裡的井田。在通過20號機兵傳送到扇區3，到達地下中樞後，她目睹了網口愁同井田的對峙，知道了井田真正的目的，她同井田，被劫持的由貴一同回到了扇區4，在剛一傳送回這裡後，她就奪過槍，對準了井田，在對他做了最後的訣別後，諒子解除了槍的殺傷限制，擊斃了井田鐵也。
後來，諒子又昏了過去，這次她被回到扇區3的網口愁救起送到了醫務室，但她完全不記得之前發生了什麼事情了。
隨後，諒子又開始了對孝良高中內匹配者的監視，在藥吃完以後，她來到醫務室尋找藥，但她看到病床上躺著一個人——冬坂五百里，而她枕邊還放著注射藥瓶，森村千尋正在給她注射納米機械。諒子又去翻動桌子上的病歷，得知森村正在給冬坂五百里進行記憶移植，給她和鞍部十郎進行人格構建，正當她疑惑森村這樣做的目的時，森村走進了醫務室，諒子質問她這樣做的目的，但很快諒子的頭痛發作，在失去意識前，森村對她說的最後一句話是“你很快就要消失了”。
之後的某一天，在醫務室病床上休息的諒子被鞍部十郎叫醒，他告訴諒子自己正被柴久太修改記憶，但諒子表示不認識這個人，於是鞍部十郎對諒子闡述了他所做的夢，但諒子驚訝的發現這些記憶正屬於十分危險的囚犯426，也就是回溯時間的和泉十郎的記憶，她開始提防眼前的這個人，但她的頭痛又一次發作了。
後來，試圖進一步調查的諒子再次前往理科教室，但傳送門已經被封鎖，森村和鄉登蓮也出現，指出“DD426”正是由她輸入的，之所以讓諒子自由行動，是為了讓她回憶起“DD426”的解除密碼，但回憶起那段記憶的諒子頭痛發作，暈倒在地上。
在醫務室甦醒的諒子，眼前是森村千尋、鄉登蓮也和關之原瑛，此時的她已經失去除了備份下來的操縱機兵的記憶以外的所有記憶，森村宣布機兵計畫終止，但諒子卻不願放棄，她仍然覺得14號機兵是井田交給她的機兵，他不願意將它交給其他人。
在審判日來臨時，東雲諒子來到了倉庫，偷偷帶走了14號機兵，參加作戰。
結局
最終決戰結束，少年少女們前往第二地球的5年後，扇區被恢復，她同鄉登蓮也前往彩芽公園與千尋博士交談，希望能利用莢艙重現AI市民，將他們迎接至這第二地球。
