1999年12月應深圳市人民政府邀請，東南大學與深圳高新技術產業園區領導小組辦公室簽訂《東南大學加入深圳虛擬大學園協定》。2000年5月9日，經深圳市人民政府批覆，於5月15日東南大學深圳研究院設立。
東南大學深圳研究院是東南大學在粵港澳大灣區設立的視窗。東南大學是中央直管、教育部直屬的全國重點大學，是一所以工科為主要特色的綜合性、研究型大學，是“985工程”和“211工程”重點建設的大學之一，2017年進入一流大學建設高校A類名單，經教育部評估，材料科學與工程、電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建築學、土木工程、交通運輸工程、生物醫學工程、風景園林學、藝術學理論總計11個學科進入“雙一流”學科名單，並列高校第7名。擁有3個國家重點實驗室，5個國家工程（技術）研究中心，1個國家專業實驗室。擁有兩院院士12人。
東南大學深圳研究院的宗旨：開展高層次人才培養，科技研發、成果轉化、興辦高新技術企業，為深圳經濟建設服務。圍繞國家戰略新興產業發展需求，建設具有可持續發展的產學研合作基礎平台，在探索產學研合作模式中發揮引領、示範、帶動作用。
東南大學深圳研究院的願景：建成國內知名的戰略新興產業技術研究、轉移及產業化基地。
東南大學深圳研究院經過發展，在深圳市成立了東南大學國家技術轉移中心深圳中心、生物電子學國家重點實驗室深圳分中心、複雜工程系統測量與控制教育部重點實驗室深圳分中心等公共服務平台，為科技成果在深轉化夯實基礎。目前承擔深圳市科技創新委基礎研究項目累計12項，合計金額642萬元。2018年9月與深圳市三旺通訊技術公司簽訂了校企聯合研發中心，合作金額為三年伍佰萬元。開展了“建築經濟與管理”、“通信與信息工程”工程碩士研究生學歷教育，總計80多人，為深圳本地企業培養了一批優秀的技術骨幹。與在深企業合作，為學校研究生提供實習基地，先後接待各專業學生40多人。先後邀請學校4位知名教授來深參加深圳名校名師公益課堂講座。
東南大學深圳研究院將依託學校的優勢學科與深圳特區發展優勢產業相結合，充分發揮橋樑和紐帶作用，更好地為校友和社會服務，持續擴大東南大學在粵港澳大灣區的影響力，為學校“雙一流”建設、為江蘇和粵港澳大灣區經濟社會發展做出更大貢獻！
