末端反向重複是在某些跳躍子末端以反方向存在的類似或相同的短序列·
基本介紹
- 中文名：末端反向重複
- 外文名：invertedterminalrepeat
- 中名同義詞：反轉末端重複序列
- 廣 義 詞：氧核糖核酸序列
詞性解釋,copia因子結構,
詞性解釋
反向末端重複序列invertedterminalrepeat
中名同義詞：反轉末端重複序列
英名同義詞：ITR
廣 義 詞：去氧核糖核酸序列
分 類：生物技術-基因結構
copia因子結構
末端反向重複copia因子長約5kb，末端帶有276bp的正向重複。正向重複序列本身的兩端又存反向重複。在插入位點產生一個5bp的正向重複序列。在copia家族中的各成員之間的差異很小，一般小於5%；變異體常含有小的缺失。雖然個別成員顯示出很大的差異，但這些特點與其它copia一類家族都是共同的。每個copia兩端的正向重複序列都是相同的，這意味著在相關的過程中它們可能相互作用，或者二者都是在轉座中由一祖先因子的一個正向重複序列產生的。此和Ty因子相似，此表明與反轉錄病毒的關係。
在基因組中的copia因子總是完整的，單個拷貝的末端重複序列末檢測到（雖然我們預期它們如果產生重組的話，會缺失間插DNA）。有時發現copia因子形成了環狀的分子。長型的有兩個末端重複，而短型的只有一個。含有copiaRNA的顆粒倍受關注。
copia序列含有一個長4227bp的閱讀框，閱讀框的一部分與反轉錄病毒的gag和po1序列同源。值得注意的是閱讀框中沒有與反轉錄病毒的env序列同源的部分，表明copia和Ty一樣不能產生病毒樣顆粒。
copia的轉錄本是豐度poly(A)+的mRNA，它有兩種形式，一種是完整長度的轉錄本，另一種是部分長度的轉錄本，二者有相同的5末端，這是由於在一個末端重複序列的中部起始轉錄所致。不同蛋白的產生可能涉及到RNA的拼接以及多肽的剪下。
雖然我們還缺乏copia產生轉座的直接證據。但copia有很多與反轉錄病毒結構相似之處，看來copia必定有一個與反轉錄病相關的起源。現在很難說明它具有多少多反轉錄病毒的功能。當然現在是知道它可以轉座，但（和Ty因子的情況相似）沒有證據表明它們有感染能力。
黑腹果蠅中另一個轉座因子家族的成員是稱為FB（是折回foldback的縮寫），它具有長度不同的反向末端重複序列。有的FB因子僅是由兩個緊密相連的反向重複所構成。而另一些兩端是反向重複序列，中間有非重複的DNA區域所構成。所有FB家族成員雖然其反向重複序列長短各異，但都是同源的。它們的結構解釋了這一特點。即它的反向重複是由相同序列的DNA串聯拷貝所組成，被不同的長度DNA序列所隔開。形成了FB的末端，相似序列單位的長度也就增加了，開始有10bp，然後延伸到20bp，最終達到31bp，單個FB因子中的兩個拷貝的反向重複序列是不同的。
關於FB因子的末端結構提出一個難題，現在還不知道是什麼賦於它們轉座的能力。有時兩個不相同的FB因子可以協同轉座一個大片段間插DNA序列。可能以細菌轉座子相似的方式轉座（在FB因子之間的DNA的長度可能要此細菌的長得多，有的可達200Kb）。也可能是通過兩個末端的FB因子使任何DNA序列摺疊成一個單位進行轉座。
