最大或然數法

最大或然數法用於一些特殊功能菌的計數，如，硝化細菌和反硝化細菌。假設被測定的微生物在稀釋液中均勻分布，並在試管中全部存活，隨著稀釋倍數的加大，稀釋液中微生物的數量將越來越少，直到將某一稀釋度的土壤稀釋液接種到培養基上培養後，沒有或很少出現微生物，根據沒有出現細菌的最低稀釋度和出現菌落的最高稀釋度計算土壤中微生物的數量。

土壤類微生物是土壤中物質轉化的動力:如;固氮作用，硝化作用、反硝化作用、腐殖質的分解和合成，土壤酶與微生物細胞一起推動物質轉化。土壤類微生物研究方法經歷了微生物純培養、土壤酶活性(BIOLOG微平板分析)、微生物庫(如微生物生物量)和流(C和N循環)、微生物生物標記物(FAMEs)、微生物分子生物學技術。