晝夜節律時鐘（Circadian clock）系指生物體內的晝夜節律時鐘。從原核生物到真核生物都有一個基本特性:它們的生化、生理和行為等生命活動過程有晝夜節律性。即使沒有外界環境因素刺激，沒有任何時間線索，它們的生命活動仍能以約24h為周期呈節律性變化，這種內源性的時間控制體系稱之為晝夜節律時鐘。它具有三個顯著特徵:（1）在特定的環境下，不斷地產生以約24h為周期長度的節律;（2）在比較寬泛的生理溫度範圍內，儘管環境溫度改變很大，該節律的周期長度仍維持恆定;（3）外界環境因素如光、溫度等可重新調置其節律，如：當溫度超過一定的範圍後，該時鐘就停止運行其節律就“凍結”或“定格”在某一時相中、當溫度重新恢復正常時，節律就從這個時相開始，繼續進行下去。晝夜節律性是遺傳決定的細胞自主性現象，受到複雜的控制和調節。如果蠅的節律時鐘基因、紅色麵包霉的時鐘基因和小鼠的相關基因等，目前都已克隆並有較深入的研究。
