《星際迷航：星艦指揮官3》也是根據1966年Gene Roddenbery所寫的同名科學幻想小說改編而來的。 在本作中，玩家可控制星艦上所有的船員和系統。玩家需要在裝甲、武器等系統間進行資源平衡。星艦可定製增加新的武器、裝甲、感應器，玩家還可招募新的船員。遊戲中包含了增強的多人模式，玩家可組成艦隊，在地圖上展開星際旅行，共同戰鬥。
