在擔任繁重教學任務的同時,還潛心於科研工作,主要參與了國家973項目——“數位化製造基礎研究”(2005CB724104)之課題4“高性能複雜曲面數位化精密加工的新原理和新方法”研究,主持和主要參與了湖南省教育廳科學研究項目——“多軸數控工具機切削(磨削)力溫度機理與數位化建模”(07C235)等4項縱向課題,主持或主要參與承擔了“南方模具機械廠CAD/CAPP/CAM系統研製”等6項橫向課題;編著《數控加工綜合實踐教程》(清華大學出版社),主編《數控加工技術》(普通高等教育“十一五”國家級規劃教材,化學工業出版社)等規劃教材4本,主審《數控加工工藝與編程》等規劃教材6本。分別在《機械工程學報》、《中國機械工程》、《Journal of Central South University of Technology》、《航空工藝技術》等刊物上發表學術論文40餘篇,被EI、SCI檢索學術論文10篇。一份耕耘,一份收穫,明興祖教授於2004年被評為湖南省“優秀教師”,榮立“二等功”。