昌吉市財稅優惠政策由新疆人民政府頒布並實施。
一、所得稅優惠政策
（一）對國家鼓勵類產業的內資企業和外商投資企業，在2001年至2010年期間，減至15%的稅率徵收企業所得稅。凡符合《目錄》範圍，且主營收入占企業總收入的70%以上的內、外資企業均享受此項稅收優惠政策。
（二）企業從事下列項目的所得，免徵企業所得稅：
1、蔬菜、穀物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；
2、農作物新品種的選育；
3、中藥材的種植；
4、林木的培育和種植；
5、牲畜、家禽的飼養；
6、林產品的採集。
（三）企業從事下列項目的所得，減半徵收企業所得稅：
1、花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；
2、海水養殖、內陸養殖。
（四）企業從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經營的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免徵企業所得稅，第四年至第六年減半徵收企業所得稅。
（五）從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免徵企業所得稅，第四年至第六年減半徵收企業所得稅。
（六）企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。
（七）企業安置殘疾人員所支付的工資，在按照支付給殘疾職工工資據實扣除的基礎上，按照支付給殘疾職工工資的100%加計扣除
（八）企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源為主要原材料，生產國家非限制和禁止並符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，減按90%計入收入總額。
（九）國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率徵收企業所得稅。
二、農業產業化龍頭企業稅收優惠政策
1、對重點龍頭企業從事種植業、養殖業和農林產品初加工取得的所得，暫免徵收企業所得稅；
2、在我市投資興辦農業產業化經營的內資企業，龍頭企業加工、銷售國家規定的農產品，增值稅稅率按13%計征，超過部分由財政予以補貼；興辦畜牧業項目的，從受益年度起五年內免徵草原使用費。
3、企業研究開發新產品、新技術、新工藝所發生的各項費用，不受比例限制，計入管理費用；
三、對一個企業的減免稅政策如出現交叉的情況，可選擇適用其中一項最優惠的政策，不能兩項或幾項優惠政策累加執行，享受優惠政策的時間連續計算。
四、對成長性好的企業可由本級財政拿出一定資金用於商業銀行提供信用貸款的貼息。
五、對我市投資的企業安置城鎮失業人員和下崗職工達到自治區規定比例後，可享受關於下崗失業人員再就業有關稅收政策。
（一）對國家鼓勵類產業的內資企業和外商投資企業，在2001年至2010年期間，減至15%的稅率徵收企業所得稅。凡符合《目錄》範圍，且主營收入占企業總收入的70%以上的內、外資企業均享受此項稅收優惠政策。
（二）企業從事下列項目的所得，免徵企業所得稅：
1、蔬菜、穀物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；
2、農作物新品種的選育；
3、中藥材的種植；
4、林木的培育和種植；
5、牲畜、家禽的飼養；
6、林產品的採集。
（三）企業從事下列項目的所得，減半徵收企業所得稅：
1、花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；
2、海水養殖、內陸養殖。
（四）企業從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經營的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免徵企業所得稅，第四年至第六年減半徵收企業所得稅。
（五）從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年免徵企業所得稅，第四年至第六年減半徵收企業所得稅。
（六）企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。
（七）企業安置殘疾人員所支付的工資，在按照支付給殘疾職工工資據實扣除的基礎上，按照支付給殘疾職工工資的100%加計扣除
（八）企業以《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》規定的資源為主要原材料，生產國家非限制和禁止並符合國家和行業相關標準的產品取得的收入，減按90%計入收入總額。
（九）國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%的稅率徵收企業所得稅。
二、農業產業化龍頭企業稅收優惠政策
1、對重點龍頭企業從事種植業、養殖業和農林產品初加工取得的所得，暫免徵收企業所得稅；
2、在我市投資興辦農業產業化經營的內資企業，龍頭企業加工、銷售國家規定的農產品，增值稅稅率按13%計征，超過部分由財政予以補貼；興辦畜牧業項目的，從受益年度起五年內免徵草原使用費。
3、企業研究開發新產品、新技術、新工藝所發生的各項費用，不受比例限制，計入管理費用；
三、對一個企業的減免稅政策如出現交叉的情況，可選擇適用其中一項最優惠的政策，不能兩項或幾項優惠政策累加執行，享受優惠政策的時間連續計算。
四、對成長性好的企業可由本級財政拿出一定資金用於商業銀行提供信用貸款的貼息。
五、對我市投資的企業安置城鎮失業人員和下崗職工達到自治區規定比例後，可享受關於下崗失業人員再就業有關稅收政策。
