昌吉回族自治州衛生健康委員會是昌吉回族自治州人民政府工作部門。
內設機構,現任領導,
內設機構
（一）昌吉回族自治州獻血委員會辦公室
主要職責任務：
執行自治州獻血委員會關於獻血、用血的工作規劃，制定自治州年度、季度的獻血計畫並組織實施；負責自治州的血液調配和管理；宣傳無償獻血的意義，普及獻血的科學知識，開展預防和控制經血液途徑傳播疾病的教育；負責對各縣市獻血工作實行目標管理，並進行監督考核；負責對州直機關、企事業單位、外地駐昌機構完成獻血工作計畫的情況進行監督；負責審批、監督臨床用血和用血費用的減免或加收；負責監督、管理無償獻血基金的使用；負責獻血、採血、供血和醫療臨床用血的監督管理；承辦自治州獻血委員會交辦的其他工作。
（二）昌吉回族自治州保健委員會辦公室
主要職責任務：
負責組織、安排、協調、指導保健對象的醫療保健工作；定期組織保健對象進行健康體檢，安排符合條件的保健對象的休假和療養工作；承辦自治州保健委員會交辦的其他工作。
（三）昌吉回族自治州醫藥衛生學會聯合辦公室
主要職責任務：
負責組織開展醫藥衛生學術交流、科普宣傳、繼續教育、醫療事故技術鑑定等工作;承擔自治州醫藥衛生學會日常管理工作。
（四）昌吉回族自治州流動人口計畫生育服務中心
主要職責任務：
負責全州流動人口衛生和計畫生育服務管理工作；協調有關部門完善流動人口計畫生育綜合治理和服務管理機制；監督檢查流動人口計畫生育法律法規的落實執行情況；指導縣市做好流動人口計畫生育服務與管理工作，組織實施流動人口衛生和計畫生育基本公共服務均等化工作。建立和完善流動人口區域協作機制，指導縣市加強流動人口計畫生育區域協作。
（五）昌吉回族自治州疾病預防控制中心
主要職責任務：
承擔疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與套用研究指導等工作。
內設機構：
昌吉回族自治州疾病預防控制中心設辦公室（突發公共衛生事件應急處置辦公室）、總務保衛科、計畫財務科、質量管理科、老幹部管理科、職業衛生科、疾病預防控制科、免疫規劃科、健康教育信息科、地方病防治科、性病愛滋病預防控制科、結核病預防控制科、慢性病防治科、檢驗科、病媒微生物防治科、預防醫學門診部，內設機構規格相當於科級。
（六）昌吉回族自治州衛生計生綜合監督執法支隊
主要職責任務：
負責監督檢查衛生計生法律法規的落實情況，依法開展公共場所衛生、飲用水衛生、學校衛生、醫療衛生、傳染病防治、職業衛生、放射衛生、計畫生育和中醫服務等綜合監督行政執法工作，查處違法行為。
3、內設機構：
昌吉回族自治州衛生計生綜合監督執法支隊設辦公室、計畫生育監督和許可審辦科、稽查科、醫療衛生監督科、公共衛生監督科、職業衛生監督科，內設機構規格相當於科級。
（七）昌吉回族自治州婦幼保健計畫生育服務中心
主要職責任務：
承擔轄區內婦幼保健、婦女兒童常見病防治、圍產保健、助產技術服務、計畫生育技術服務、出生缺陷綜合防治、婦幼保健計畫生育信息管理、服務質量監測等工作，對下級服務機構進行技術指導與培訓，接受下級轉診。
內設機構：
昌吉回族自治州婦幼保健計畫生育服務中心設辦公室、孕產保健部、婦女保健部、兒童保健部、計畫生育技術服務部，內設機構規格相當於科級。
（八）昌吉回族自治州紅十字會中心血站
主要職責任務：
負責在自治州範圍內開展無償獻血者的招募、血液的採集與製備、臨床用血供應以及醫療用血的業務指導；供血區域範圍內血液儲存的質量控制；對自治州中心血庫進行質量控制。
（九）昌吉回族自治州緊急救援中心
主要職責任務：
承擔我州醫療衛生突發事件及緊急救護工作。
（十）昌吉回族自治州計畫生育藥具站
主要職責任務：
貫徹執行國家有關計畫生育藥具的方針、政策；擬定昌吉州計畫生育藥具管理辦法並組織實施；承擔計畫生育藥具貯存、供應等工作;相關人員培訓和社會基本公益服務,監督管理計畫生育藥具零售市場。
（十一）昌吉回族自治州人民醫院
主要職責任務：
醫療與護理、醫學教學、醫學研究、衛生醫療人員培訓、衛生技術人員繼續教育、保健與健康教育、社區衛生醫療服務指導、康復及醫藥文化傳播。
內設機構：
黨辦、院辦、人事科、宣傳科、醫教部、護理部、財務科、總務科、退管科、保衛科、審計科、質量管理科、車隊、設備科、醫保科、網路信息管理中心，內設機構規格相當於科級。
（十二）昌吉回族自治州中醫醫院
主要職責任務：
醫療與護理、醫學教學、醫學研究、衛生醫療人員培訓、衛生技術人員繼續教育、保健與健康教育、社區衛生醫療服務指導、康復及中醫藥文化傳播。
內設機構:
院辦、黨辦、宣傳科、人事科、經審科、財務科、醫務部、護理部、質量管理科、科教科、醫保辦、信息網管科、設備科、退管辦、保衛科、總務科，內設機構規格相當於科級。
現任領導
王瑛，黨組書記、副主任
榮建新，黨組副書記、主任
李鳳萍，黨組副書記、副主任、調研員
江洪波，黨組成員、副主任、調研員
阿依肯·達尼爾，州紀委駐委紀檢組長，委黨組成員
周勇，黨組成員、副主任
林憲，黨組成員、副主任
