昆明市水產科學研究所是昆明市機構編制委員會批准的公益二類差額撥款事業單位，隸屬於昆明市科技局，主要職能是：研究昆明市農業和農村科技發展狀況、趨勢和重大問題，為市科技局巨觀決策提供建議和對策；負責淡水魚類的新品種引進、開發，養殖技術和魚病防治技術的試驗研究，新品種、新技術的示範推廣套用；負責漁業科技培訓和諮詢服務，為“綠色”和“有機”農作物生產提供科技諮詢服務；漁業發展規劃、設計及可行性研究報告編制；水生生物資源調查及水域環境生物治理研究。
