於溥澤除長經史之外，尤愛研讀醫書，中年之後，潛心醫學研究。他認為中國古代醫學源遠流長，既有精深的理論體系，又積累了豐富的臨床經驗。對《素問》、《靈樞》、《傷寒論》、《金匱》等經典醫學名著，都有深入的研討，並且親自臨床，不避辛勞，常為百姓解除疾苦。綜合自己的理論研究和實踐，除考訂了許多古代醫書，還撰寫了《醫學詩話》《雲巢醫案》《傷寒指南》等醫學專著。至今尚有《要略厘辭》傳世，在國圖、北京中醫藥大學圖書館及中國中醫科學院圖書館均有藏，為醫家所重視。
於溥澤醫術高明，善治疑難之症，且樂於授徒。近200年來，平度西鄉多醫，與他的傳授與影響關係很大。
清嘉慶九年（1804年），於溥澤病卒於家鄉。
