概要,部分,
概要
同時屬於各個公司的組織，隸屬於JR東海新幹線鐵道事業本部、JR西日本山陽新幹線統括本部、JR九州總社鐵道事業本部新幹線部。
平時在本指令所進行東海道、山陽新幹線的指令業務、運行管理和九州新幹線博多站-新鳥栖站之間的運行管理。另外，為了應對地震災害等緊急情況，在大阪設定了第二綜合指令所，從平時開始異常時訓練和從東京傳送最新的圖表，採取可以早期應對的姿勢。
從國鐵時代開始民營化初期，地址、所在地也公開，也接受一般人的參觀，但由於之後的社會形勢變化，現在詳細場所被非公開對待。
指令所內的正面設定了顯示東海道、山陽、九州新幹線東京站-新鳥栖站之間的運行狀況的綜合顯示盤，可以一目了然地知道哪個列車在哪個位置。博多站-新鳥栖站之間的標識是隨著九州新幹線開通和博多站的擴建而追加的，是繼之前的標識盤上添加而成的。另外，九州新幹線的新鳥栖站-鹿兒島中央站間的顯示盤面向正面的綜合顯示盤右側另有設定。
JR九州除了本指令所以外，還在博多綜合指令中心的新幹線綜合指令室使用九州新幹線指令系統（SIRIUS），主要指令業務和運行管理在那裡進行。
2010年3月13日開始，由於九州新幹線全通前的準備關係，九州新幹線列車編號末尾的字母從獨自的F變更為與東海道、山陽新幹線相同的A。2010年11月開始連線東海道、山陽新幹線的運行管理系統新幹線運行管理系統（COMTRAC）和九州新幹線的運行管理系統九州新幹線指令系統（SIRIUS），3新可以統一掌握幹線的運行狀況。
2007年10月17日，在JR東海例會上，在各新幹線發生故障時的運行時間表調整對應中，JR各公司協商的結果，在本指令所發表了新設定九州新幹線負責人的應對措施，關於實施2010年12月8日的JR東海社長會見中，JR九州的九州新幹線擔當指令長常駐於本指令所，為了不讓各新幹線的運輸障礙波及其他新幹線，宣布統一進行運行管理，2010年12月以後，JR九州的九州新幹線指令長也常駐著。
部分
運行管理使用各自的列車運行管理系統、JR東海、JR西日本“新幹線運行管理系統（COMTRAC）”、九州新幹線“九州新幹線指令系統（SIRIUS）”，各系統的運輸系指令和工務。編成系統指令。
- 運輸指令（列車擔當）
- 運輸指令（旅客擔當）
- 運用指令
- 設施指令
- 電力指令
- 信號通信指令
