間歇泉區兩側山地為白堊紀和第三紀大竹卡組，西側出露大竹卡組灰－灰紫色砂－礫岩層，間夾火山岩層。間歇泉區的現代水熱活動以沸泉和熱塘泉為主，台地西側有汽孔。主間歇泉位於西側台地南端，泉口高出河水水面15米，泉口呈圓形，直徑約30厘米，激噴時汽水柱粗2米，噴高約20米，泉口水面以下1米處溫度為84℃，起噴溢流時溫度升至85℃。搭格架地熱間歇噴泉群地熱噴泉種類齊全，成泉機制獨特，具有較強的典型性、代表性、稀有性和脆弱性，是中國最大的高溫間歇噴泉。高溫間歇噴泉是地球上罕見的一種地熱活動，在世界上僅有冰島、紐西蘭、北美西海岸和日本等少數地區有高溫間歇噴泉分布，但這些地區的高溫噴泉多與近代火山活動有關。而搭格架噴泉的形成與現代火山活動並沒有直接聯繫，而與喜馬拉雅山在近代的上升活動有關，因此保護區的間歇噴泉群對於研究青藏高原地質歷史和歷史演變具有重要的意義。
