根據《惠來縣機構編制委員會<關於印發惠來縣人民政府機構改革方案實施意見>的通知》（惠機編 [2009]16號），設立惠來縣食品藥品監督管理局，為惠來縣人民政府工作部門
職能調整,主要職責,內設機構,
職能調整
(一)取消和調整已由縣人民政府公布取消和調整的行政審批事項。
(二)將綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃給縣衛生局。
(三)劃入縣衛生局餐飲業、食堂等消費環節(以下簡稱消費環節)食品安全監督管理職責。
(四)增加消費環節餐飲服務許可的職責。
主要職責
(一)貫徹執行國家和省、市有關消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械監督管理的方針政策、法律、法規和規章，組織制定相關的實施辦法並監督實施。
(二)負責消費環節餐飲服務許可和食品安全監督管理，擬定消費環節食品安全管理規範並組織實施，承擔消費環節食品安全狀況調查、監測工作。
(三)負責保健食品、藥品經營許可，負責保健食品、化妝品、藥品、醫療器械的行政監督和技術監督，依法監督實施藥品經營質量管理規範及藥品批發、零售企業資格制度。
(四)監督國家保健食品、化妝品、藥品、醫療器械標準的執行，監督實施處方藥和非處方藥分類管理制度;配合有關部門實施國家基本藥物制度;指導開展相關產品不良反應(不良事件)監測。
(五)監督實施中藥、民族藥監督管理規範、中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮製規範、中藥品種保護制度。
(六)監督管理保健食品、化妝品、藥品、醫療器械質量安全，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品、藥品類易製毒化學品等特殊藥品(以下簡稱特殊藥品)及特種藥械。
(七)監督抽查生產、經營和醫療單位使用的保健食品和藥品、醫療器械質量，受理相關的舉報和投訴。
(八)監測保健食品、藥品和醫療器械產品廣告。
(九)監管藥品、醫療器械流通市場，依法監管衛生材料和藥品包裝材料;組織查處消費環節食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械等的研製、生產、流通、使用方面的違法行為。
(十)指導本地區食品藥品監督檢驗機構的業務工作。
(十一)承辦縣人民政府、省、市食品藥品監督管理局交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，惠來縣食品藥品監督管理局設5個職能股（室）：
（一）人秘股
協調局機關日常政務；負責會議、文電、機要、檔案、信息、宣傳、保密、信訪、財務、資產管理、勞動工資等工作；負責行政訴訟和行政複議等法制工作；負責人事、黨務、精神文明建設和紀檢、監察以及黨風廉政建設工作；負責專業技術人員和離退休人員服務工作；負責工青婦、計畫生育等工作。
（二）食品安全監管股（掛食品檢驗室牌子）
負責消費環節的食品安全監督管理工作；承擔消費環節食品安全狀況調查、監測工作；指導食品檢驗機構工作。
（三）綜合監管股
監督實施處方藥和非處方藥分類管理制度；監督管理麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品及特種藥械；依法監督實施藥品經營質量管理規範及藥品批發、零售企業資格制度；負責保健食品、化妝品、藥品、醫療器械日常監督管理工作；監測保健食品、藥品、醫療器械廣告；收集、上報本地區保健食品、化妝品安全信息。
（四）業務受理股
負責藥品、醫療器械、保健食品、化妝品、餐飲服務及食堂的許可受理和資格審查工作；核發餐飲服務許可證、藥品、保健食品、醫療器械經營企業許可證。
（五）稽查股（掛稽查分局牌子）
負責藥品、醫療器械、保健食品、化妝品市場的稽查工作，監督抽查藥品、醫療器械、保健食品、化妝品質量，負責對舉報投訴藥品、醫療器械、保健品、化妝品質量案件或上級布置查處的藥品、醫療器械、保健品、化妝品案件進行調查處理。對消費環節食品安全方面的違法行為和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械等研製、生產、流通、使用方面的違法行為進行調查處理；負責相關突發安全事件的應急處置和產品召回工作。
