彭城，男，博士，雲南大學生命科學學院研究員。
基本介紹
- 中文名：彭城
- 國籍：中國
- 畢業院校：上海交通大學
- 學位/學歷：博士
- 專業方向：生物信息學和三維基因組
人物經歷,研究方向,發表論文,
人物經歷
1999年9月-2003年6月，湖北大學，計算機科學與技術，學士
2003年9月-2006年6月，湖北大學，系統分析與集成，碩士
2006年9月-2011年12月，上海交通大學，計算機軟體與理論，博士
2008年12月-2010年11月，美國加州大學伯克利分校，生物工程，訪學
2011年12月-2014年6月，華中農業大學，生命科學技術學院，歷任講師和副教授
2014年6月-2019年6月，華中農業大學，信息學院生物信息系，副教授
2019年6月-至今，雲南大學，生命科學學院生命科學研究中心，研究員
研究方向
基因組三維空間結構與轉錄調控、DNA複製和遺傳變異等生物過程具有緊密聯繫，因此認識基因組三維空間結構的組織模式具有重要意義。染色體構象捕獲技術及其衍生技術（如Hi-C）通過DNA測序來捕獲染色質互作，從不同尺度上揭示了基因組三維結構的組織特徵。本人主要整合高通量染色質互作和相關多組學數據來研究基因組三維空間結構的組織特徵、形成機理和生物功能。
1、生物信息學軟體開發。開發生物信息學軟體來處理分析高通量染色質互作數據，研究基因組三維空間結構的內在特徵。
2、三維基因組的機理、功能和套用。整合染色質互作、表觀組和轉錄組等多組學數據解析三維基因組形成機理和調控功能；結合實驗和計算研究三維基因組在重要生物過程中的動態變化及其生物功能；三維基因組輔助基因組組裝和遺傳變異檢測等。
發表論文
（#表示共同第一作者，*通訊或並列通訊作者）
1. Zi Wen, Zhi-Tao Huang, Ran Zhang, Cheng Peng*. ZNF143 is a regulator of chromatin loop. Cell Biology and Toxicology, 2018, 34:471-478.
2. Xiao-Tao Wang, Wang Cui, Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, 45(19): e163.
3. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.
4. Ting Xie, Jue-Fei Zheng, Sheng Liu, Cheng Peng, Yong-Ming Zhou, Qing-Yong Yang, Hong-Yu Zhang. De Novo Plant Genome Assembly based on Chromatin Interactions: A Case Study of Arabidopsis thaliana. Molecular Plant, 2015, 8(3): 489-492.
5. 彭城，李國亮，張紅雨，阮一駿，染色質三維空間結構重建及其生物學意義，中國科學：生命科學，2014,44（8）：794-802.
6. Cheng Peng, Liang-Yu Fu, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.
7. Cheng Peng, Teresa Head-Gordon. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase. PLoS Computational Biology. 2011,7:e1002082.
8. Cheng Peng, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition. Biophysical Journal. 2010,98:2356-2364.
