庭院生態系統（Garden Ecosystem）是從微觀角度以戶為單位經營生態農業的最佳生產型式。以農戶為獨立的經濟實體，運用生態經濟學原理，通過生態工程設計，按照食物鏈、加工鏈的循環模式，將家庭種植業、養殖業和加工業有機結合，進行綜合性商品生產，從而形成的小型集約型生態經濟系統。亦是一個對庭院資源（指土地、獨特的生態環境、農村剩餘勞動力）合理開發利用，變消費土地為生產土地、使農村庭院變成多業並舉的獨特生態體系。是農業生態系統的一個重要組成部分。理論基礎是充分利用植物的光合作用，不斷提高太陽能轉為生物能的效益，在轉變過程中充分發揮微生物的作用，以加速能流和物流在生態系統中大的循環過程，不斷提高系統的生產能力。
庭院生態系統的環境因子，一般包括三個基本組成部分：所在地區的自然環境，人工建造的環境和社會經濟、人文環境。
