平整末端連線

平整末端連線是指某些限制性內切酶作用的結果產生不含粘性末端的平整末端。例如來自副流感嗜血桿菌(Hemophilus parainfluenzae)的限制酶Hpal作用於識別順序↓…GTTAAC… …CAATTG…而產生末端為…GTT …GAA的DNA片段。用機械剪下方法取得的DNA片段的末端也是平整的。在某些連線酶的作用下同樣可以把兩個這樣的DNA片段連線起來。

連線起來的DNA中既可能包括所需要的DNA片段，也可能包括並不需要的片段，甚至包括互相連線起來的載體分子的聚合體。所以接受這些DNA的宿主細胞中間只有一小部分是真正含有所需要的基因的。