帳簿組織指賬簿的種類、數量、外表形式和各種帳簿間的相互關係。由於各個單位的規模大小、業務繁簡不同，採用的帳簿組織也不盡相同。
例如，在規模較小、業務較簡的單位，一般可設定現金日記帳、銀行存款日記帳、總分類帳和明細分類帳。其中現金日記帳和銀行存款日記帳可採用收入、支出、結存三欄式帳頁，每天根據現金、銀行存款的收支憑證按其編號順序逐筆登記；總分類帳可採用按每一帳戶開設的借方、貸方、餘額三欄式帳頁，每天根據記帳憑證逐筆登記；明細分類帳可按照登記的經濟業務內容，採用借方、貸方、餘額三欄式帳頁，或數量金額式帳頁，或多欄式帳頁，每天根據記帳憑證或原始憑證逐筆登記。這三種帳簿的相互關係是：現金日記帳和銀行存款日記帳的月末餘額應分別與總分類帳中“現金”和“銀行存款”帳戶的月末餘額核對相符；各種明細分類帳戶的月末餘額合計數應與總分類帳中各有關帳戶的月末餘額核對相符。
