嵌套PCR (nested primer PCR,套式引物PCR,巢式PCR) 是指先後用兩套引物進行擴增的PCR 技術。為了儘可能減少非靶序列(假產物) 的擴增，發展出嵌套式和半嵌套式PCR。利用第一輪PCR 擴增產物作為第二輪PCR 擴增的模板材料(DNA) ，嵌套式PCR 兩個引物的起始點分別從目的基因的5' 端鹼基序列和3' 端的互補鹼基序列向中間略有縮進; 半嵌套式PCR 只是其中的一個引物縮進。在第二輪擴增產物中，能夠產生錯誤擴增產物的可能性是極低的，所以套用嵌套式和半嵌套式PCR 技術能夠使靶DNA 序列得到有效的選擇性擴增，大大提高擴增的靈敏性和特異性。
通常先用第一套引物擴增15~ 30 個循環，再在已擴增DNA 片段內設定第二套引物擴增15~ 30 個循環。由於第二套引物設計片段位於第一套引物擴增的片段內，所以將第一套引物稱為外引物，把第二套引物稱為內引物。採用嵌套PCR,將外引物擴增片段又經內引|物擴增，這樣既可增加反應特異性，又可獲得高豐度特異性靶序列，增加敏感性。
