崇明東灘保護區面積為326平方公里,屬長江口典型的河口濕地。
其中自然保護區在堤外灘涂的面積共265平方公里,包括吳淞標高零米線以上的灘涂為120平方公里,吳淞標高零米線以外寬度3000米內的水域145平方公里。堤內以人工濕地為主的面積為61平方公里。
崇明東灘位於長江入海口,處於我國候鳥南北遷徙的東線中部,地理位置十分重要。其生物多樣性價值體現在物種的多樣性和生態系統的多樣性。東灘灘涂遼闊,擁有豐富的底棲動物和植被資源,是候鳥遷徙途中的集散地,也是水禽的越冬地。崇明東灘記錄的鳥類達312種,遷徙水鳥上百萬隻。其中國家一級保護動物4種,國家二級保護動物43種。屬中日候鳥保護協定的167種,屬中澳候鳥保護協定的有51種。列入《中國瀕危動物紅皮書》的水鳥有12種。另外,根據1996年春季調查統計到的涉禽數量上分析,有8種超過或到達世界種群1%;3種達到或超過停歇地大於0.25%標準。1999年崇明東灘正式加入東亞—澳大利亞涉禽遷徙保護網路,2002年1月,濕地國際秘書處正式接納崇明東灘為國際重要濕地。