《小鼠精原幹細胞中APA位點研究及3'UTR使用頻率資料庫構建》是依託中山大學，由熊遠妍擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：小鼠精原幹細胞中APA位點研究及3'UTR使用頻率資料庫構建
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：熊遠妍
- 依託單位：中山大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
mRNA的3'末端非編碼區(3'UTR)區在mRNA表達網路中起著重要的調控作用，通過選擇性剪下Ploy(A)位點（APA），形成不同的3'UTR異構體（tandem 3'UTRs）,3'UTR與反式作用因子（包括蛋白和miRNA等）相互作用完成3'UTR的調控作用。精原幹細胞(SSC)是一類能自我更新並擁有多向分化潛能的細胞，是精子發生的基礎。本項目採用被稱為SAPAS的mRNA 3'末端高通量測序方法，在基因組範圍內定位小鼠精原幹細胞、胚胎幹細胞和成纖維細胞的APA，發現了1200多個SSC中特異表達的基因和400多個PloyA使用模式差異的基因。運用3'UTR圖譜，尋找新的SSCs標記分和參與幹細胞調控的反式作用因子，及探討APA相關的自我更新與分化的調控機理，以期為該領域提供新的研究思路。同時結合已經發表的3'末端深度測序數據，構建3'UTR測序數據分析平台和其使用頻率資料庫。
結題摘要
mRNA的3'末端非編碼區(3'UTR)區在mRNA表達網路中起著重要的調控作用，通過選擇性剪下Ploy(A)位點（APA），形成不同的3’UTR異構體（tandem 3’UTRs）,3’UTR與反式作用因子（包括蛋白和miRNA等）相互作用完成3’UTR的調控作用。精原幹細胞(SSC)是一類能自我更新並擁有多向分化潛能的細胞，是精子發生的基礎。本項目採用被稱為SAPAS的mRNA 3’末端高通量測序方法，在基因組範圍內定位小鼠精原幹細胞、胚胎幹細胞和成纖維細胞的APA，發現了1200多個SSC中特異表達的基因和400多個PloyA使用模式差異的基因。運用3’UTR圖譜，尋找新的SSCs標記分和參與幹細胞調控的反式作用因子，對這些關鍵調控因子，為該領域提供了新的研究思路，團隊的生物學家已經展開了探討SSC調控機制的分子生物學機理研究。最新的研究進展包括已經構建了基於RNA-Seq數據檢測APA位點的算法和軟體，並套用於RNA-Seq數據處理，構建APA表達資料庫。
