對角線電泳是雙向電泳的一種特例。雙向電泳將蛋白質樣品點在凝膠的一個端點,走過電泳以後進行某種特殊處理,轉過90°再進行第二次電泳。若兩次電泳的緩衝液、電壓等條件都一致,則此雙向電泳即為對角線電泳。 目前其主要作用是膜蛋白的分離鑑定，確定二硫鍵和蛋白質複合物的研究對角線電泳最經典的用途當屬二硫鍵的確定：樣品蛋白質經硫氧還蛋白處理後，利用螢光巰基探針標記巰基，目標蛋白會帶上螢光探針。再進行對角線電泳時，如果發現目標蛋白存在分子內二硫鍵，則經處理後所得的點位於對角線的上方；如果目標蛋白存在分子間二硫鍵，則經處理後得到的點位於對角線的下方。同時對角線電泳有一定缺點：(1)檢測低豐度蛋白的敏感性不夠；(2)一些分子量過大(>200 kDa)、極酸性或極鹼性蛋白在電泳中會丟失；(3)高疏水性蛋白或不溶性蛋白得不到較好的檢測；(4)重複性問題
