審計案件仲裁是指審計機關依法對一些經濟糾紛案件作出裁決。在審計過程中,審計機關對於企業單位在業務往來活動中,因不遵守契約或契約規定不明確而發生的互相爭執事件,通過立案審査,進一步了解雙方爭執的焦點,分析研究造成爭執的原因,作出合理的裁決。審計仲裁分為初級仲裁和最後仲裁。初級仲裁由省、地(市)審計局進行,最後仲裁由審計署進行。
省級以下審計局的仲裁事項,以省級審計局的仲裁為最後仲裁。審計機關作出初級裁決後,如果沒有不同意見,雙方就必須堅決執行;對於審計機關的裁決,如有不同意見,可向上一級審計機關申訴。最後仲裁具有法律效力,必須限期執行。但如被審計單位仍有不同意見,可按照憲法規定向法院起訴。