安徽工業大學馬鞍山工業技術研究院是馬鞍山市政府和安徽工業大學共同組建的。按照市場化運作模式，同時註冊成立了馬鞍山市安工大工業技術研究院有限公司。市政府投入建設資金並提供辦公和研究場所，安徽工業大學以人力資源、技術和智慧財產權投入。研究院業務上歸口安徽工業大學和馬鞍山科技局指導和管理。
工程研究院是安徽工業大學直屬單位。2011年3月，根據校黨委會議決定以及人〔2011〕9號檔案要求，學校撤銷原工程研究中心，成立工程研究院。
工程研究院現有教育部冶金減排與資源利用重點實驗室、現代表界面工程研究中心以及現代分析測試中心3個內設機構，下設綜合管理部、項目開發與管理部等職能科室。研究院現有專職教工33人，其中教授7人，副教授19人，博士20人，占在職教職工的60.61%。
工程研究院作為安徽工業大學科學研究與服務社會的綜合平台，主要功能是依託學校學科優勢，整合校內外優質科研資源，緊扣國家發展戰略及地方經濟與社會發展的需求，構建科研組織與平台，建設高水平研發團隊，開展科學研究與技術創新，促進科研成果產業化，為社會經濟發展做出貢獻，同時支撐、推進學校學科建設與發展。工程研究院的建設與發展，對於加快學校內涵發展，提高學校科學研究與服務社會能力，加快社會創新體系建設具有重要意義。
工程研究院依據功能定位，以“五個平台”建設與運行為主要任務。
（1）科學研究平台。根據學校學科發展與科研需求，建設科學研究平台與高水平研發團隊；依託學校、政府與企業，以服務產業為目標，構建產業技術研究院。
（2）技術創新平台。建設以服務行業為目標的創新研究平台，開展產學研合作，不斷拓展社會服務領域和範圍。
（3）設備共享平台。建設高水平公共分析測試平台，促進大型儀器資源共享，為學校教學、科研服務，同時為社會提供高質量分析測試服務。
（4）成果轉化平台。建設集科研成果鑑定、發布與中介服務為一體的綜合性成果轉化平台，通過合作、授權、轉讓、入股、創辦企業等形式，促進科技成果轉化。
（5）人才培養平台。利用科研平台和科研項目，通過研究生培養，為社會輸送高層次工程技術人才。通過項目合作形式，為行業和地方企業培養套用人才。
工程研究院負責安徽工業大學馬鞍山工業技術研究院（公司）、安徽工業大學泰州工業技術研究院（公司）的運營與管理。
