安全的益生菌大多是從傳統發酵食品和人體微生態系中篩選，但也不可能完全保證其安全性。
益生菌的安全性主要包括以下幾個方面：
①套用於人類的益生菌最好來自人體；
②益生菌必須從健康人的腸道中分離；
③益生菌必須經過一定時間證明其無致病性；
④益生菌不能有與一些疾病(如心內膜炎、腸道不適症)相聯繫的歷史；
⑤益生菌不能使膽鹽早期解離；
⑥益生菌不能攜帶可以轉移的抗抗生素基因。
安全性是對益生菌的基本要求
雖然目前的益生菌基本從傳統發酵食品和人體微生態系中篩選，但也不可能完全保證其安全性，主要原因有兩點：(1)致病菌和安全使用菌株之間的界限並不清晰。(2) 某些菌株在遺傳上不穩定，基因易發生改變。據報導，極少的幾例乳酸菌從受感染的組織中分離出來。其中一例鼠李糖乳桿菌被認為引起了中年男性的心內膜炎。可是實驗證明LGG鼠李糖乳桿菌不會引起感染。說明儘管益生菌產品被大量安全消費了好多年，偶然的嚴重感染，尤其是對於免疫力低下的病人，還是可能發生。但是這種感染只發生在免疫力較低的人身上，而且發生的幾率少之又少。還有一些重症胰腺炎患者食用某些益生菌導致腸道局部缺血。乳桿菌天生顯示出廣泛的抗生素抗性，如萬古黴素，但在多數情況下這種抗生素抗性不屬於可傳遞型。具有非傳遞型抗生素抗性的乳桿菌通常不需為安全性的考慮。
出於對安全性的考慮，許多益生菌的安全性評價系統被建立起來。
益生菌的安全性評價可以有以下途徑：
對益生菌株固有特性的研究；
對益生菌株的藥物代謝研究；
對益生菌株和宿主之間相互作用的研究。
①套用於人類的益生菌最好來自人體；
②益生菌必須從健康人的腸道中分離；
③益生菌必須經過一定時間證明其無致病性；
④益生菌不能有與一些疾病(如心內膜炎、腸道不適症)相聯繫的歷史；
⑤益生菌不能使膽鹽早期解離；
⑥益生菌不能攜帶可以轉移的抗抗生素基因。
安全性是對益生菌的基本要求
雖然目前的益生菌基本從傳統發酵食品和人體微生態系中篩選，但也不可能完全保證其安全性，主要原因有兩點：(1)致病菌和安全使用菌株之間的界限並不清晰。(2) 某些菌株在遺傳上不穩定，基因易發生改變。據報導，極少的幾例乳酸菌從受感染的組織中分離出來。其中一例鼠李糖乳桿菌被認為引起了中年男性的心內膜炎。可是實驗證明LGG鼠李糖乳桿菌不會引起感染。說明儘管益生菌產品被大量安全消費了好多年，偶然的嚴重感染，尤其是對於免疫力低下的病人，還是可能發生。但是這種感染只發生在免疫力較低的人身上，而且發生的幾率少之又少。還有一些重症胰腺炎患者食用某些益生菌導致腸道局部缺血。乳桿菌天生顯示出廣泛的抗生素抗性，如萬古黴素，但在多數情況下這種抗生素抗性不屬於可傳遞型。具有非傳遞型抗生素抗性的乳桿菌通常不需為安全性的考慮。
出於對安全性的考慮，許多益生菌的安全性評價系統被建立起來。
益生菌的安全性評價可以有以下途徑：
對益生菌株固有特性的研究；
對益生菌株的藥物代謝研究；
對益生菌株和宿主之間相互作用的研究。
