學術自治是西方中世紀的學術管理思潮。認為學術工作及與學術有關問題的處理，應不受政府、教會及其他外界力量的干預，由高等學校（學術機構）或專家學者獨立決定和進行。源於西歐中世紀大學。當時，教師和學生組成自己的團體（行會），為維護教學和生活上的自身權益，與所在地的行政當局、教會以至市民抗爭，獲得一定的特權和豁免權，大學不同程度地成為有相當自治權的團體。隨著國家和社會力量對大學的作用與影響日益增大及教會對大學控制的一度加強，許多大學成為國（省、州）立或隸屬於教會，大學自治被逐漸限制在學術工作範圍內。
其集中表現的層次各國有所不同，在德、法等歐洲大陸國家，常表現為教授等高級專家個人的學術自治，英、美等國則更多表現為高等學校整個組織的自治。主張學術自治者認為，大學是傳授和研究高深學問的地方，只有學者才能深刻理解這些學問的內容和複雜性， 並判定應如何組織教學和研究工作，故學術問題應由專家單獨解決，他們應是一個自治團體。隨著時代的發展，大學與外部社會的相互依存和相互制約作用日益加強，大學需要國家、社會的各種資源供給和與外部系統的各種交流，否則就無法生存。大學必須適應國家、社會的需要並為之服務，無法避免外部系統的作用與影響。一般認為，不可能存在不受價值觀影響的學術追求，亦無絕對的學術自治。
