萬曆二十四年，皇帝不送太后出喪，繼皋上疏勸說，因忤旨致仕，晚年講學於東林書院。萬曆三十八年（1610年）病卒，追贈為禮部尚書。葬位於無錫市西南郊
大洋鄉白旄山麓。有《
孫宗伯集》十卷。
孫繼皋墓位於無錫市西南郊大浮鄉白旄山麓（今
濱湖區白旄
前灣村），建於明代萬曆四十二年（1614），1984年重修墓地。墓地原有面積九畝多，四周有石砌羅城，正中封上墳瑩直徑約有5米，高約2米，前立青石墓碑一塊，正面陰刻
隸書“明孫繼皋墓”。1986年7月，由
無錫市人民政府公布為市級文物保護單位。2008年孫氏族人集資重修一新。
孫繼皋故居稱“少宰第”，在無錫崇寧路52號（原小河上18號），是一組明代建築，於文革期間拆毀，現僅存該院最後一進的藏書樓（即“來鶴樓”，民國期間由其九世孫
孫揆均重建）和後花園殘跡。在2009年小婁巷
歷史文化街區改造工程中，來鶴樓將被保護。
