孔教授在工程科學技術方面的主要成就在於他對光合作用固碳過程中主要碳酶RuBisCo的特殊貢獻,RuBisCo的功能左右植物的產量,所以為研究農業增產者所必須了解的步驟,孔教授對研究RuBisCo有傑出的成就,他不但首先由分子學的技術正確的找出RuBisCo大小亞基的遺傳位置,並用育種的方法,創出不同大小亞基的組合,以便研究其不同組合對生產的影響,由此而激起世界學者的重視,掀起研究RuBisCo的熱潮,導致對大亞基基因的提取及順序分析。他對RuBisCo的功能,結構,遺傳以及進化的研究有著世界公認的貢獻,為表彰他在這方面的貢獻,他獲得傑出成就獎(Award of Distinguished Achievement-1979),Fulbright獎(1983),復旦大學聘為名譽教授(1986),並為美國科學院選為傑出學者(1980)。
孔教授第二方面的主要成就在於他對葉綠體基因的分離分析,並能用來研究其遺傳及進化,它與同事們首先研究了四十多種菸草,譜出了第一個在分子水平上進化的過程,回答了很多昔日難以回答疑難問題,並被其他學者套用為研究分類和進化的指標,他這項重大的貢獻,有目共睹,其母校中興大學及母係為其傑出成就頒予傑出成就獎(1990),傑出系友獎(1992),和傑出校友獎(1993),同年選為New York Academy of Sciences會員。
除了以上成就和獲獎之外,世界各國為表揚其傑出成就,將他列入使多種名人錄,其中兩種在中國出版(Who's Who in the World,Who's Who in America,Who's Who in the East,Who's who in Frontier Science and Technology,Who's Who in Science and Engineering,Who's Who in Medicine&Healthcare,Who's Who in Biotechnology Today,Who's Who in Society,Who's Who in American Education,Who's Who in Overseas Chinese,Who's Who Among Asian America,Who's Who of Intellectuals-International,American Man and Women of Science,Directory of and Technology,Who's who in Society )。
一九八七年受美國科學院(U.S.National Academy of Sciences)之託和中國科學院邀請調查中國生物工程開發狀況,並訪問北京、天津、上海、廣州等二十多所學校和研究所,所調查結果由the Committee on Scholarly Communication with the Pelple's Republic of China 出版為"Biotechnoligy in China",現已發行二版,為目前對中國生物工程研究最早最有系統而又最具權威的著作。