天主教長崎總教區 （拉丁語：Archidioecesis Nagasakiensis、日語：カトリック長崎大司教區）是日本一個羅馬天主教總教區，也是該國三個總教區之一。下轄福岡、大分、鹿兒島和那霸四個教區。範圍包括長崎縣。2004年有教友67,728人、72個堂區、142名司鐸。總主教為高見三明。長崎是日本天主教早期的發展中心，禁教後仍然有教友秘密保持信仰。1865年再度為外界所知，史稱“信徒發現”。1876年設代牧區，1895年設教區。1959年5月4日升為總教區。
