多醚類抗生素的分子裡含有眾多的環狀醚鍵。在它們的分子裡具有直鏈的碳的主骨架，插入含氧的雜環。在分子的一端帶有一個游離的核基、C-甲基、C-乙基。一系列的含氧的官能團（包括醚基、羧基、羥基和羰基），以及存在有半縮醛和半縮酮。例如：莫能菌素（monensin）就是一個飽和的多醚類抗生素，它在畜牧業和農業上獲得了重要的用途。
