《多種真核生物多聚腺苷化信號的識別及其演化研究》是依託廈門大學，由吳小惠擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：多種真核生物多聚腺苷化信號的識別及其演化研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：吳小惠
- 依託單位：廈門大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
多聚腺苷化[poly(A)]及選擇性多聚腺苷化(APA)是基因表達調控的重要途徑，是由poly(A)信號調控的。Poly(A)信號對剪下、轉錄終止及翻譯起關鍵作用。仍有超過20%的動物及高達90%的植物非典型poly(A)信號的特徵有待識別，且新發現的與反向轉錄或轉錄通讀有關的APA位點的調控機制也尚不清晰。基於多年研究基礎，本項目擬從全基因組水平分析海量測序數據，識別poly(A)信號的一級序列及二級結構特徵；分析新發現不同類型APA位點的poly(A)信號，構建poly(A)信號共調網路；建立poly(A)信號動態分析模型，系統研究不同真核生物poly(A)信號演化模式；開發poly(A)信號識別與分析的生物信息可視化平台。此研究有利於從反向轉錄和通讀等新視角探索APA機制，能加深對poly(A)信號起源與進化的認識，也有助於3'末端加工相關疾病的治療及更深入了解複雜的轉錄後調控機制。
結題摘要
mRNA多聚腺苷化[polyadenylation, poly(A)]是真核細胞的一個重要後轉錄調控過程，對細胞中mRNA的生命周期起決定作用，影響mRNA的穩定性、輸出及翻譯。如果一個基因有多個poly(A)位點，將可通過選擇性多聚腺苷化(Alternative Polyadenylation, APA)選擇不同位點來調節基因表達，如人類易栓症、地中海貧血、癌細胞周期調控、神經細胞發育，植物表觀遺傳調控、開花時間、及抗病抗逆等本項目從全基因組水平探索典型和非典型poly(A)信號的一級序列特徵及結構特徵，分析不同類型APA位點的poly(A)信號及差異，並系統研究多種真核生物的poly(A)信號演化，最終建立高效便捷的生物信息可視化平台供相關科研人員使用。本項目對不同真核生物poly(A)信號的識別及其演化的研究將有利於深入理解全基因組轉錄後調控及基因表達調控，並促進調控真核生物mRNA多聚腺苷化過程的分子、生物及進化機制的研究。 在人才培養方面，本項目培養了生物信息學領域的多名研究生與博士生，如項目組成員葉從庭和李磊曾赴美國邁阿密大學交流一年，歸來後已順利完成博士學業。在論著方面，本項目已資助發表了10篇SCI論文，以及3篇EI論文。其中項目負責人為通訊或第一的SCI論文有7篇（JCR 2區4篇，JCR 3區2篇，JCR 4區1篇），項目負責人通訊作者的EI期刊論文有3篇。另有3篇論文在準備投稿中（負責人為第一或通訊作者）。此外，負責人參與編著Springer出版社出版的《Polyadenylation in Plants: Methods and Protocols》書中的4章。在網站平台方面，順利搭建了公開發表了用於poly(A)研究的VAAPA平台（http://bmi.xmu.edu.cn:8001/vaapa）和PASPA平台（http://bmi.xmu.edu.cn/paspa）。另外，正在搭建的多種植物poly(A)位點可視化及分析平台PlantAPA（暫定http://bmi.xmu.edu.cn/front）也即將投入使用。這些平台將為有關poly(A)相關的分析提供豐富的資源及有助於生物實驗篩選高質量的候選基因或位點，促進APA機制的研究。
