前身為1975年——1981年的惠安縣鳳山學校附設國中班及1981——1991年的惠安縣壩頭學校附設國中班。
1990年，旅台連氏宗親連金春等人決定在故鄉壩頭創辦一所初級中學。不久，他們共同捐資5萬美元（其中連金春3萬美元），由村、鎮兩級政府共同於壩頭鳳山村鳳阿山下擇址並征地15畝，動工興建一幢高三層共18間教室，12間教師休息室，建築面積2300多平方米的教學樓，1991年8月，惠安縣壩頭中學正式創立首任校長曾金伙。1993年，連金春先生又獨自捐資60萬元人民幣，征地15畝，建成一幢高四層共48年套間的教師宿舍樓——“尊師樓”，於1994年投入使用。1996年，連金春先生再次慷慨解囊捐資200萬元人民幣，征地30畝（包括學校運動場用地），建成一幢高6層，4000多平方米的綜合樓（實踐樓）。至此，壩頭中學校舍建設已初具規模。
隨著九年義務教育的深入進行和普及，壩頭中學的學生入學率大幅度提高，全校生數，從辦學最初的10個班級400多人，遞增至1997年的24個班級1732。2000年達到最高峰，學生增至30個班2101人。2001年以後，學生人數開始逐年減少，由1816人減少至2007年1541人。教師隊伍則相對穩定，由辦學初始的30餘人逐年增至1997年的57人，再增至2000年的87人，現有專職教師仍有80人。
1997年，原惠北地區從惠安縣拆出，設肖厝經濟開發區管委會，惠安壩頭中學遂改稱為“肖厝壩頭中學”，2000年，肖厝管委會升格為“泉港區”，肖厝壩頭中學又改稱為“泉港區壩頭中學”。
壩頭中學建校近二十年來，學校堅持“文明，勤奮，求實，創新”的辦學理念，一貫重視提高學生的全面素質，管教管導管成才，許多學生在校時就有突出表現。學校先後獲得：泉州市創建安全學校活動先進單位 ，泉州市“兩基”工作先進單位，泉州市教育局市級初級中學達標學校；泉州市級園林式學校；泉州市普通中學學籍管理先進單位，泉港區綠色學校、文明學校，泉港區法制宣傳先進單位，泉港區“教壇標兵”競賽活動先進單位，泉港區教育工作先進單位等榮譽稱號。
