1521年,墨西哥淪為西班牙殖民地,天主教會傳入。1523年,
方濟各會傳教士在墨西哥開辦西半球第一所學校,招收美洲土著居民男孩入學,教授西班牙語和基督教教義。以後這類學校逐步推廣。各級學校全部教員都是傳教士,其中
耶穌會、
多明我會、
方濟各會傳教士占多數。1537年,在墨西哥出版美洲大陸第一本《基督教教義概要》。1545年前,墨西哥隸屬於西班牙的塞維亞大主教區。1551年,創辦墨西哥大學。1810年,墨西哥爆發反西班牙統治的鬥爭。1821年,墨西哥宣布獨立;同年,宣布天主教為國教。1854年,民族英雄
胡亞雷斯發動“革新運動”,為墨西哥第一次土地改革,教會土地所有制結束。1867年,墨西哥政府宣布與
羅馬教廷斷絕外交關係,沒收教會財產,驅逐神職人員,有的被處死。自1876年執政的獨裁者
波菲里奧·迪亞斯對天主教會採取籠絡和控制政策,準許重設女修道院和教堂,教會收回許多特權和大批財富。1910年,墨西哥爆發資產階級民主革命,結束迪亞斯30多年的統治。1915年和1923年,卡蘭薩總統和卡列斯總統先後宣布政教分離。1917年,政府重新制訂憲法,宣布政教分離,教會不得占有土地和財產,致使政教關係緊張,教士紛紛外逃。1930年後,政教關係逐漸緩解。1979年1月27日—2月12日,第三屆拉丁美洲主教會議在墨西哥的普埃布拉召開,教宗約翰保羅二世出席會議開幕式並發表長篇講話,標誌著國家與教會及與羅馬教廷關係的和解。墨西哥天主教共設69個教區;全國主教會議為教會最高權力機構;有19名代表出席1979年第三屆拉美主教會議;支持出版《宇宙報》和《墨西哥先驅報》。在墨西哥,宗教刊物數量超過文化刊物,全國97種宗教刊物中有55種屬於天主教會。羅馬教廷在首都墨西哥城設有外交使團。墨西哥天主教特色之一是教堂內經常供奉古老的美洲土著人的偶像。大多數墨西哥人是美洲土著居民或印歐混血種人,歷史上曾崇拜部落神靈,但這一點並不妨礙他們成為天主教徒。1816年,英國長老會在
蒙特雷建立第一個新教教會。新教在國內出版35種刊物。